中国科学院分院机构（全部）
北京分院（京区党委）
中国科学院数学与系统科学研究院*中国科学院数学研究所*中国科学院应用数学研究所*中国科学院系统科学研究所*中国科学院计算数学与科学工程计算研究所
中国科学院物理研究所中国科学院理论物理研究所中国科学院高能物理研究所中国科学院力学研究所中国科学院声学研究所中国科学院理化技术研究所中国科学院化学研究所
中国科学院生态环境研究中心中国科学院过程工程研究所
中国科学院地理科学与资源研究所中国科学院国家天文台*中国科学院云南天文台
*中国科学院乌鲁木齐天文工作站*中国科学院长春人造卫星观测站*中国科学院南京天文光学技术研究所
中国科学院遥感应用研究所
中国科学院地质与地球物理研究所中国科学院古脊椎动物与古人类研究所
中国科学院大气物理研究所中国科学院植物研究所中国科学院动物研究所中国科学院心理研究所中国科学院微生物研究所中国科学院生物物理研究所
中国科学院遗传与发育生物学研究所
中国科学院计算技术研究所中国科学院软件研究所中国科学院半导体研究所中国科学院微电子研究所
中国科学院电子学研究所中国科学院自动化研究所中国科学院电工研究所
中国科学院工程热物理研究所中国科学院空间科学与应用研究中心
中国科学院自然科学史研究所中国科学院科技政策与管理科学研究所
中国科学院光电研究院北京基因组研究所
中国科学院青藏高原研究所国家纳米科学中心
*中国科学院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心（原中国科学院石家庄农业资源研究所）
中国科学院山西煤炭化学研究所
中国科学院沈阳分院
中国科学院大连化学物理研究所中国科学院金属研究所
中国科学院沈阳应用生态研究所中国科学院沈阳自动化研究所中国科学院海洋研究所
中国科学院长春分院
中国科学院长春光学精密机械与物理研究所
中国科学院长春应用化学研究所中国科学院东北地理与农业生态研究所
*中国科学院东北地理与农业生态研究所农业技术中心（原中国科学院黑龙江农业现代化研究所）
中国科学院上海分院
中国科学院上海微系统与信息技术研究所
中国科学院上海技术物理研究所中国科学院上海光学精密机械研究
所
中国科学院上海硅酸盐研究所中国科学院上海有机化学研究所中国科学院上海应用物理研究所 （原子核研究所）中国科学院上海天文台中国科学院上海生命科学院*生物化学与细胞生物学研究所*神经科学研究所*药物研究所
*植物生理生态研究所*国家基因研究中心*健康科学研究中心
*中国科学院上海生命科学信息中心 *营养科学研究所
*中国科学院上海生物工程研究中心 中国科学院福建物质结构研究所中国科学院宁波材料技术与工程研究所(筹)
中国科学院南京分院
中国科学院紫金山天文台
中国科学院南京地质古生物研究所中国科学院南京土壤研究所
中国科学院南京地理与湖泊研究所中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所(筹)
中国科学院合肥物质科学研究院
*中国科学院安徽光学精密机械研究所
*中国科学院等离子体物理研究所*固体物理研究所
*中国科学院合肥智能机械研究所
中国科学院武汉分院
中国科学院武汉岩土力学研究所中国科学院武汉物理与数学研究所
中国科学院武汉病毒研究所
中国科学院测量与地球物理研究所中国科学院水生生物研究所
中国科学院武汉植物园( 原武汉植物研究所)
中国科学院广州分院
中国科学院南海海洋研究所中国科学院华南植物园（原华南植物研究所）
中国科学院广州能源研究所中国科学院广州地球化学研究所*中国科学院广州地球化学研究所长沙矿产资源勘查中心（原中国科学院长沙大地构造研究所）
中国科学院亚热带农业生态研究所（长沙农业现代化研究所）中国科学院深圳先进技术研究院
中国科学院成都分院
中国科学院成都生物研究所
中国科学院成都山地灾害与环境研究所
中国科学院光电技术研究所
中国科学院昆明分院
中国科学院昆明动物研究所中国科学院昆明植物研究所中国科学院西双版纳热带植物园中国科学院贵阳地球化学研究所
中国科学院西安分院
中国科学院西安光学精密机械研究所
中国科学院地球环境研究所
中国科学院兰州分院
中国科学院近代物理研究所中国科学院兰州化学物理研究所中国科学院寒区旱区环境与工程研究所
中国科学院兰州地质研究所中国科学院青海盐湖研究所中国科学院西北高原生物研究所
中国科学院新疆分院
中国科学院新疆理化技术研究所中国科学院新疆生态与地理研究所
学校及公共支撑单位
中国科学院研究生院中国科学技术大学
中国科学院遥感卫星地面站中国科学院计算机网络信息中心中国科学院国家授时中心中国科学院国家科学图书馆总馆（原中国科学院文献情报中心）中国科学院武汉文献情报中心（中国科学院武汉图书馆）
中国科学院成都文献情报中心（中国科学院成都图书馆）
中国科学院资源环境科学信息中心（中国科学院兰州图书馆）中国科学院科学时报社中国科学杂志社
全国科学技术名词审定委员会
拟转制的院直属事业单位
中国科学院行政管理局中国科学院科学出版社中国科学院庐山疗养院中国科学院青岛疗养院
共建单位
中国石油天然气总公司中国科学院渗流流体力学研究所
中国核工业集团公司中国原子能科学研究院
江苏省中国科学院植物研究所江西省中国科学院庐山植物园水利部中国科学院水工程生态研究所
广西壮族自治区中国科学院植物研究所
中国科学院教育部水土保持与生态环境研究中心
中国科学院陕西省秦岭植物园
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