营业税改征增值税试点中，为保证政策衔接，对于原来营业税差额纳税的有关政策可以继续沿用。由于营业税和增值税的性质不同，差额纳税的税务处理为可抵减销售额。增值税纳税申报依据《关于调整增值税纳税申报事项的公告》（上海市国税局、上海市地税局公告2011年第5号）规定执行，填报资料多增加的一个附表为《本期销售额减除项目金额明细表》，无论一般纳税人和小规模纳税人，符合差额征税的试点企业可填报本表进行申报。
试点企业差额纳税下的会计处理
1、一般纳税人的会计处理
一般纳税人提供应税服务，试点期间按照营业税改征增值税有关规定允许从销售额中扣除其支付给非试点纳税人价款的，应在“应交税费——应交增值税”科目下增设“营改增抵减的销项税额”专栏，用于记录该企业因按规定扣减销售额而减少的销项税额；同时，“主营业务收入”、“主营业务成本”等相关科目应按经营业务的种类进行明细核算。
企业接受应税服务时，按规定允许扣减销售额而减少的销项税额，借记“应交税费——应交增值税（营改增抵减的销项税额）”科目，按实际支付或应付的金额与上述增值税额的差额，借记“主营业务成本”等科目，按实际支付或应付的金额，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。
对于期末一次性进行账务处理的企业，期末，按规定当期允许扣减销售额而减少的销项税额，借记“应交税费——应交增值税（营改增抵减的销项税额）”科目，贷记“主营业务成本”等科目。
A公司为xx公司提供应税服务
借：应收账款——xx公司
贷：主营业务收入
应交税金——应交增值税（销项税额）
A公司接受B公司提供的劳务
借：主营业务成本
应交税金——应交增值税（营改增抵减的销项税额）
贷：应付账款——B公司
2、小规模纳税人的会计处理
小规模纳税人提供应税服务，试点期间按照营业税改征增值税有关规定允许从销售额中扣除其支付给非试点纳税人价款的，按规定扣减销售额而减少的应交增值税应直接冲减“应交税费——应交增值税”科目。
企业接受应税服务时，按规定允许扣减销售额而减少的应交增值税，借记“应交税费——应交增值税”科目，按实际支付或应付的金额与上述增值税额的差额，借记“主营业务成本”等科目，按实际支付或应付的金额，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。
对于期末一次性进行账务处理的企业，期末，按规定当期允许扣减销售额而减少的应交增值税，借记“应交税费——应交增值税”科目，贷记“主营业务成本”等科目。
C公司差额纳税会计处理如下：
C公司为甲公司提供应税服务
借：银行存款
贷：主营业务收入
应交税金——应交增值税
C公司接受D公司提供的服务
借：主营业务成本
应交税金——应交增值税贷：应付账款——D公司
小规模纳税人的会计处理
小规模纳税人提供应税服务，试点期间按照营业税改征增值税有关规定允许从销售额中扣除其支付给非试点纳税人价款的，按规定扣减销售额而减少的应交增值税应直接冲减“应交税费——应交增值税”科目。
企业接受应税服务时，按规定允许扣减销售额而减少的应交增值税，借记“应交税费——应交增值税”科目，按实际支付或应付的金额与上述增值税额的差额，借记“主营业务成本”等科目，按实际支付或应付的金额，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。
对于期末一次性进行账务处理的企业，期末，按规定当期允许扣减销售额而减少的应交增值税，借记“应交税费——应交增值税”科目，贷记“主营业务成本”等科目。
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