有关名侦探柯南中柯南查黑衣人组织的集数及剧情大概 TV 001 云霄飞车杀人事件(GIN与VODKA去交易，把新一变小）
013 奇怪的寻亲杀人事件 （广田雅美出现）
054 电玩公司杀人事件
118 浪花连续杀人事件（想象）
128 黑暗组织10亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件（灰原登场）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）（灰原在杯户酒店被抓，喝白干变大被GIN 177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
枪击）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 迷一样的乘客（前篇）（灰原感到组织气息，其实新出是贝尔摩得） 231 迷一样的乘客（后篇）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）（银发杀人魔是贝尔摩得）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
289 光彦森林迷失记（前篇）（邵渊己一郎出场）
290 光彦森林迷失记（后篇）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
（有GIN，VODKA，新一差点被发310 与黑暗组织接触（追击篇）
现）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）（灰原的家人）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（不合时期的万圣节，朱蒂老425 黑暗组织的冲击！黑暗组织魔爪伸来的瞬间 师与贝尔摩得的枪战）
484黑色照片的行踪（前篇）（值得怀疑的本堂瑛佑）
485黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
（一系列与组织的斗争） 492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
509 红白黄色与侦探团
（冲矢昴身上似乎有组织气息）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇) 563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)
578 召唤危机的红色凶兆 （引出下文）
579 黑与13的暗示
580 逼近黑色时刻
581 红色飘摇的目标（集体出动，狙击秀一，虽然不知是不是真的）
