确权登记特殊情况处理
根据《中华人民共和国土地承包法》和《物权法》、《农业部、财政部、国土资源部、中农办、国务院法制办、国家档案局》（农经发【2011】2号）、《关于印发的通知》（[1995]国土(籍)字第26号）、《农村土地承包经营权流转管理办法》的相关法律法规，部分特殊情况可作如下处理：
（1）因自然灾害毁损的土地
承包期内，因自然灾害等原因毁损减少的承包地，无法恢复的，应核减承包地面积。可部分恢复的，按恢复后的实际面积确权登记。
（2）已经消亡的家庭承包户的土地
根据《中华人民共和国土地承包法》第十五条规定：“家庭承包的承包方是本集体经济组织的农户。”承包期内，以家庭承包方式承包农村土地的承包方全户消亡的，承包主体灭失，发包方应当依法收回承包地，不予确权登记。所收回土地纳入集体“机动地”管理。
（3）农户私自占用的田间路、沟渠等耕种的土地
根据国土资源部《关于印发的通知》（[1995]国土(籍)字第26号）第二十二条规定：“乡（镇）或村在集体所有的土地上修建并管理的道路、水利设施用地，分别属于乡（镇）或村农民集体所有。”农户私自占用的田间路、沟渠等耕种的土地不能确定为家庭承包面积，应当按照原承包地块测量的面积进行确权登记。
（4）农村土地承包合同约定之外的地块
按照《农业部、财政部、国土资源部、中农办、国务院法制办、国家档案局》（农经发【2011】2号）规定，开展农村土地承包经营权确权登记主要是以现有土地承包合同、权属证书和集体土地所有权确权登记成果为依据，查清承包地块的面积和空间位臵，建立健全土地承包经营权登记簿，妥善解决承包地块面积不准、四至不清、空间位臵不明、登记簿不健全等问题，把承包地块、面积、合同、权属证书全面落实到户，依法赋予农民更加充分而有保障的土地承包经营权。所以，未依法与所在的集体经济组织订立承包合同的土地不进行确权登记。 （5）户流转的家庭承包地
承包期内，已经流转的以家庭承包方式承包的土地，要区分不同情况进行确权登记：
①以互换方式流转的土地。双方当事人有书面流转协议（合同），且无争议的，在办理有关承包合同变更手续后，依据变更后的合同确权登记颁证。无书面协议（合同）的，先由双方当事人签订土地流转协议（合同），并向村集体经济组织备案，办理承包合同变更手续后，再依据变更后的合同确权登记；互换有争议的，待争议解决后再进行确权登记。
②以转让方式流转的土地。双方当事人在流转土地时，未经原承包方书面申请和发包方书面确认，也未变更承包合同的，仍按原承包户确权登记。经原承包方书面申请和发包方书面确认，且无争议的，按照土地流转协议（合同）办理承包合同变更手续后，再进行确权登记。
③以转包、出租、入股等方式流转的土地，按原承包户确权登记。 （6）以家庭承包方式承包的土地被依法征用
以家庭承包方式承包的农村土地被全部征用的，应进行注销登记；被部分征用的，应从承包地的地块和面积中予以减除，并进行变更登记，未被征用部分据实测量进行确权登记。
（7）村集体经济组织发展公益事业占用的家庭承包地
对农村集体经济组织因公益事业建设全部或部分占用的农户承包地，应当分别进行注销和变更登记，未被占用的承包地据实测量进行确权登记。
（8）农户因人口数量变化要求增减承包地
根据《中华人民共和国农村土地承包法》第十五条规定：“家庭承包的承包方是本集体经济组织的农户。”第二十六条规定：“承包期内，发包方不得收回承包地。”第二十七条规定：” 承包期内，发包方不得调整承包地。”承包期内，承包户内人口增减不是调整土地的法定事由，也不符合本次确权登记的政策规定，对该请求不予支持。要以原家庭承包合同为依据进行确权登记。
（9）外出务工人员的承包地
对于常年未归，也未委托代理人又无法联系的外出务工人员，可先查清二轮土地承包状况，按照承包合同登记的四至和面积预留出相应的土地，待联系到承包户后，再按本次登记的相关规定进行确权登记。对预留期间当事农户没有管理，也未委托他人代耕的，其承包地暂由集体作为机动地管理。
（10）承包户全家迁入小城镇居住，但户口仍在农村的承包地
承包户全家迁入小城镇居住，但户口未迁出，仍然属于该集体经济组织内部的家庭承包户，应当据实进行承包地确权登记。
（11）在城镇落户的承包户
根据《中华人民共和国农村土地承包法》第二十六条规定：“承包期内，承包方全家迁入小城镇落户的，应当按照承包方的意愿，保留其土地承包经营权或者允许其依法进行土地承包经营权流转。”承包方虽然已经迁入城镇落户并居住，应当保留其土地承包经营权，可按照承包方的意愿进行确权登记。
（12）承包方全家迁入设区的市转为非农户口的承包地
根据《中华人民共和国农村土地承包法》规定“承包期内，承包方全家迁入设区的市，转为非农业户口的，应当将承包的耕地和草地交回发包方。承包方不交回的，发包方可以收回承包的耕地和草地”。故承包户全家迁入设区的市，转为非农户口的，发包方应当依法收回承包地，不予确权登记。
（13）集体供养的“五保户”承包地
集体供养的“五保户”承包地受法律保护，是否进行确权登记应当尊重“五保户”的意愿。严禁集体经济组织强行收回“五保户”的承包地。
（14）原来颁发的农村土地承包经营权证书
根据《农村土地承包经营权证管理办法》和《农业部办公厅关于印发的通知》（农办经【2012】19号）的规定，这次承包地确权登记工作，将换发农业部统一格式的土地承包经营权证书，原证书收回作废。
（15）农村集体经济组织违反民主议事程序，也未采取招标、拍卖或公开协商方式发包的土地
农村集体经济组织在发包集体土地时，承包方案需经本集体经济组织成员大会或成员代表大会三分之二以上成员讨论通过，采取招标、拍卖或公开协商方式竞价发包，发包给本集体经济组织以外的单位或个人需经所在的乡镇政府批准，未依法履行上述程序，违反法律的强制性规定，所订立的承包合同无效，不予确权登记。
（16）农户在未依法取得农村土地承包经营权的前提下，私自流转给他人经营的土地
当事人未履行相关法定程序与所在的集体经济组织订立承包合同的土地禁止流转，双方发生的土地流转行为和订立的流转合同无效，不予确权登记。
（17）流转合同约定期限超过原承包合同的剩余期限
根据《农村土地承包经营权流转管理办法》规定：“农村土地承包经营权流转不得改变承包土地的农业用途，流转期限不得超过承包期的剩余期限，不得损害利害关系人和农村集体经济组织的合法权益。”流转期限超过原承包合同剩余期限的流转合同，超出部分无效，建议当事人对流转合同进行修改后，再进行确权登记。
（18）当事人订立的流转合同约定的标的、期限、四至、位置不明的土地 根据《中华人民共和国合同法》第二百三十二条规定：“当事人对租赁期限没有约定或者约定不明确，依照本法第六十一条的规定仍不能确定的，视为不定期租赁。当事人可以随时解除合同，但出租人解除合同应当在合理期限之前通知承租人。”对流转合同标的、期限、四至、位臵约定不明的土地流转行为，应当由双方当事人对原合同进行补充完善，达到标准且无争议后，再进行确权登记。
（19）农户之间买房带地，但合同中对所流转的土地没有做出明确约定 建议双方当事人对所流转的土地补签流转合同，约明地块名称、面积、流转期限、流转费用、惠农补贴等条款，然后，再进行确权登记。
（20）非法倒卖、流转的承包地
“非法转让土地使用权”是指将依法管理和持有的土地使用权，违反法律、法规的有关规定，擅自转让给他人的行为。“非法倒卖土地使用权”，是指违反法律、法规的规定，将土地使用权进行倒卖，从而进行牟利的行为。非法倒卖、流转承包地属于违法行为，所涉及的土地不予确权登记，情节严重的，要依法惩处。
（21）集体经济组织发包土地超过法律规定最高期限的 法律规定，耕地的承包期为三十年，林地的承包期为五十年，草地的承包期为三十年至五十年，“四荒”的经营期限一般不超过五十年。集体经济组织发包的集体资源性资产超过法律规定的最高期限的承包合同，超出部分无效，应予修改，再进行确权登记。
（22）夫妻离婚后，原承包地确权登记
根据《中华人民共和国农村土地承包法》第六条规定：“农村土地承包，妇女与男子享有平等的权利。承包中应当保护妇女的合法权益，任何组织和个人不得剥夺、侵害妇女应当享有的土地承包经营权。”在对离婚夫妇的承包地处理上，以法院判决为准，未做判决的，按以下原则办理：
①1996年第二轮农村土地承包时，夫妻双方与其他家庭成员共同作为农村土地承包合同的承包方，对夫妻双方共同享有的土地承包经营权的份额作为夫妻共同财产进行分割确权登记。
②1996年第二轮农村土地承包时，夫妻双方作为承包方，其共同享有的土地承包经营权作为夫妻共同财产进行分割确权登记。
③结婚时，夫妻一方不享有另一方婚前的土地承包经营权，另一方婚前享有的土地承包经营权，作为另一方的婚前个人财产进行确权登记。
④夫妻关系存续期间以转让方式流转的土地或以其他方式承包的集体土地，按照夫妻共同财资产进行分割，根据当事人的意愿变更承包合同，进行确权登记；
⑤夫妻关系存续期间以转包方式流转的土地，确权登记人员为原承包方。
（23）在订立家庭承包合同时，发包方未对土地进行实测，采取“手指地”的办法确定承包地，估数入账，造成面积不准。
“手指地”在承包地块边界四至范围之内的，确认给原承包农户。“手指地”超出承包地边界四至范围的，是否确认给原承包户由村民大会或村民代表大会讨论决定。
（24）农村土地承包合同履行期间，承包方在承包地周围私自开垦的土地 在实测土地时，能够明显认定确属承包方违法私自开垦的土地，不准确认给原承包户。一时难以认定是私自开垦还是其他原因造成的，是否确认给原承包户由村民大会或村民代表大会讨论决定。
（25）已经改变农业用途的承包地 对农户未经国土资源管理部门批准，自行在承包地上盖房、建设附属设施或者改作宅基地的，仍按农用承包地进行登记，计入承包地面积。涉嫌违法的，由国土资源管理部门处理。农户经审批建房及其附属设施占用承包地的，不再列入确权登记范围
（26）第二轮农村承包时，在签订合同时将地块合并到一起，无承包地块明细的
可参照土地台账、分地记录等有关原始资料，结合实际土地测量数据，将承包地块的详细情况查清，然后，再据实登记，办理土地承包经营权证书。
（27）1996年第二轮农村土地承包时，对独生子女奖励的承包地
对独生子女奖励的半口人承包田，在确权登记时，有约定的以约定为准，无约定或约定不明的，按照以下原则办理：
①已经签入第二轮农村土地承包合同的土地，受法律保护，依据合同约定面积确权登记。
②未签入第二轮农村土地承包合同的土地，承包地收归集体经济组织所有，纳入“机动地”管理。
（28）以其他方式承包的农村土地实际经营面积超过承包合同约定面积的 以承包合同约定面积进行确权登记。
（29）境外企业、组织和个人租赁农村集体土地
按照农业部办公厅关于印发《农村土地承包经营权登记试点工作规程（试行）》的通知 》（农办经【2012】19号）要求，境外企业、组织和个人租赁农村集体土地，暂不予登记。
（30）1996年第二轮农村土地承包时，非农户口以家庭承包方式承包的农村土地和承包期内全家迁到设区的市转为非农户口的
依据《农村土地承包法》第十五条：“家庭承包的承包方是本集体经济组织的农户。”第二十六条第三款：“承包期内，承包方全家迁入设区的市，转为非农业户口的，应当将承包的耕地和草地交回发包方。承包方不交回的，发包方可以收回承包的耕地和草地。”的规定，1996年第二轮农村土地承包时，非农户口以家庭承包方式承包的农村土地和承包期内全家迁到设区的市转为非农户口的承包户以家庭承包方式承包的农村土地不在确权登记范围之内。但在1996年第二轮农村土地承包时，分给农转非的下乡知识青年的承包地，应当在本次确权登记范围之内。
（31）2003年3月1日前全户户籍迁出和全户农转非已经收回的承包地 2003年3月1日前集体经济组织收回全户农转非或户籍迁出的农户承包地符合法律规定。2003年3月1日前已经收回的全户农转非或户籍迁出的农户承包地不再退回。
（32）农村集体经济组织成员在不同的农村集体经济组织内以家庭承包方式承包多份土地的
农村集体经济组织成员在不同的农村集体经济组织内以家庭承包方式承包多份土地的，确权登记地应当为1996年1月1日第二轮农村土地承包时的户籍所在地。当其他农村集体经济组织主张权利时，如协商不成，需经农村土地承包仲裁委员会或人民法院对合同做出无效裁决或判决后，方可收回承包地。
（33）未参加第二轮农村土地承包的农户
对未参加第二轮农村土地承包的农户向农村集体经济组织或现承包人索要第一轮承包期所承包的土地不予支持。如该农户户籍在原集体经济组织未动，其承包地可从集体机动地、农户退包地或复垦地中解决，暂时无力解决的，通过候地解决。
（34）未报集体经济组织备案的承包地互换合同
承包方之间为方便耕种或者各自需要，可以对属于同一集体经济组织土地的承包经营权进行互换。按照最高人民法院(法释[2005]6号)第十四条的规定，承包方依法互换土地承包经营权，发包方仅以该土地承包经营权流转合同未报其备案为由，请求确认合同无效的，不予支持。因此，未报集体经济组织备案的承包地互换合同应当认定为有效。
（35）农村土地承包合同与土地承包经营权证书不一致
根据《物权法》规定，以家庭承包方式取得的土地承包经营权作为一种用益物权，是依据土地承包合同而创设的，且不采纳登记生效主义，土地承包经营权证书仅仅是证明土地承包经营权的凭证，并非设立土地承包经营权的依据，因此，土地承包合同与土地承包经营权证书记载的内容不一致的情形下，应当以土地承包合同为准。 （36）凡属城市规划区内已经征用的土地，不调查、不确权、不登记； （37）宅基地：新建房占用承包地的，撤除后旧宅基地，按承包地登记，旧宅基地未撤除的，不登记；
（38）以租代征、未批先占，改变了承包地农用性质，如果已经征用的，不确权不登记；如果属租用且在城镇规划区内的，可以不确权、不登记；
（39）设施农业改变了承包地形状（但是未征用的），按生产性用地还是非生产性用地的不同，分别对待：如果属生产性用地，如在承包地内建浴池、养猪场、养鸡场、农家乐等用地，按生产性用地处理，要确权要登记；如果属非生产性用地，如：建设办公房、加工坊的，只调查不确权、不登记，待还耕后作变更登记；
（40）水毁、泥石流等造成承包地灭失的，如果能复耕且允许复耕的，要确权要登记；如果无法复耕或不允许复耕的，不确权不登记；
（41）村社道路建设已经占用的承包地，一律不确权不登记；
（42）原高速路建设临时用地，如果属搅拌场用地的，不确权不登记，等待县统一处理；如属堆料场可以复耕的，要确权、要登记。
（43）承包地变为退耕还林地，且享受了退耕还林政策的，一律纳入林业部门管理，办理林权证，此次不确权不登记；
（44）凡属退耕还林规划区内的河滩地搞了退耕还林的，纳入林业部门管理，办理林权证；
（45）原属林地，通过土地整理等，将林地变为耕地的，原则上必须恢复为林地，不作为承包地登记；
（46）原租用农户承包地，后变为退耕还林地的，只能登记为林地，此次不确权不登记。
（47）库尾地被淹没的，如果原二轮承包时纳入承包地登记的，此次要确权要登记；如原二轮承包时未纳入承包地登记的，此次不确权不登记；
（48）河滩地，原则上属于国有土地，不确权不登记；但是如二轮承包时纳入承包地登记的，此次可以确权登记；如二轮承包时未纳入承包地登记的，此次不确权不登记。
（49）集体机动地：以村/组为单位，只调查，不登记，不颁证； （50）村/组内农户土地互换的，有书面协议的，按协议登记，无书面协议的，按原承包关系登记；书面协议一式三份，互换双方均各上交一份，乡镇存一份；
（51）村/组内农户转让承包经营权的，有转让协议并经发包方审核同意的，按审核协议登记，否则，按原承包关系登记；经审批后的书面协议一式三份，互换双方均各上交一份，乡镇存一份；
（52）争议的承包地块：只作调查，暂缓登记。
