转基因在农作物应用方面的优点：
1.解决粮食短缺问题。
2.减少农药使用，避免环境污染。 3.节省生产成本，降低食物售价。 4.增加食物营养，提高附加价值。
5.增加食物种类，提升食物品质。 6.促进生产效率，带动相关产业
转基因食品的危害
1 转基因作物本身可能演变为农田杂草
• 由于导入新的外源基因，转基因作物获得或增强了生存竞争和繁殖能力，使其在生长势、越冬性、耐受性、种子产量等方面，都强于亲本或野生种。若被推广种植,这些转基因作物释放到自然环境中的机会特别大,因其又具有野生植物没有的各种抗性,将会迅速地成为新的优势种群,进而可能演变成农田杂草。例如，加拿大商业化种植具有抗除草剂及自播种特性的转基因油菜，仅几年后,其农田便发现了对多种除草剂（包括草甘膦、固杀草和保幼酮等）具有耐抗性的杂草化油菜植株。据专家预言，这种杂草化的转基因油菜，将成为加拿大草原地区危害最为严重的野草。
2 通过基因漂流影响其他物种
• 在自然条件下,栽培作物种内，栽培作物与其近缘野生种间,栽培作物和杂草之间都有可能发生基因漂流。例如，引起广泛关注的墨西哥玉米污染事件，即在墨西哥偏远山区的野生玉米受到了转基因玉米DNA片断的污染，且污染比率高达35％。
转基因作物中的一些抗除草剂、杀虫剂和病毒的抗性基因就有可能通过花粉杂交等途径向其同种或近缘野生种转移,使其获得转基因生物体的抗逆特性，对其他作物构成严重威胁的“超级杂草”。而自然界生物间的协同进化或生物与非生物抑制因子间的对抗最终会出现适应或淘汰的结果。转基因抗虫作物的长期、大规模种植可能使目标害虫或非目标害虫对毒素蛋白的适应在群体水平上产生抗性，有可能产生侵染力、致病力更强的“超级害虫”，造成更大的危害。研究表明，转Bt基因抗虫棉对第
一、第二代棉铃虫有很好的抵抗作用，但第三代、第四代棉铃虫已对该转基因棉产生了抗性。
3 对生物多样性的威胁
• 转基因作物作为外来品种进入自然生态系统，往往具有较强的“选择优势”,可能会影响植物基因库的遗传结构，淘汰原来栖息地上的物种及其它遗传资源,致使物种呈单一化趋势，造成生物数量剧减, 甚至会使原有物种灭绝，导致生物多样性的丧失。墨西哥玉米事件的发生，已经严重威胁到世界玉米起源中心地区的玉米生物多样性资源，玷污了墨西哥“玉米妈妈的圣洁”。
抗虫作物的抗虫基因不仅直接作用于目标害虫，对非目标害虫也可能直接或间接地产生伤害，进而对生物多样性产生影响。
4 转基因食品可能产生过敏反应
• 在自然条件下存在许多过敏源。转基因作物通常插入特定的基因片断以表达特定的蛋白,而所表达蛋白若是已知过敏源,则有可能引起过敏人群的不良反应。例如，为增加大豆含硫氨基酸的含量,研究人员将巴西坚果中的2S清蛋白基因转入大豆中,而2S清蛋白具有过敏性,导致原本没有过敏性的大豆对某些人群产生过敏反应,最终该转基因大豆被禁止商品化生产。即便表达蛋白为非已知过敏源,但只要是在转基因作物的食用部分表达,则也需对其进行评估。目前，对转基因食品的过敏性检测主要是依据1996年国际食品生物技术委员会等制订出的一套对改良食品的分析方法。
5 抗生素标记基因可能使人和动物产生抗药性
• 抗生素抗性基因是目前转基因植物食品中常用的标记基因，与插入的目的基因一起转入目标作物中,用于帮助在植物遗传转化筛选和鉴定转化的细胞、组织和再生植株。标记基因本身并无安全性问题,有争议的一个问题是其在基因水平上有发生转移的可能性，如抗生素标记基因有可能转移到肠道微生物上皮细胞中,从而降低抗生素在临床治疗中的有效性。虽然目前的研究表明，这种可能性很小，但在评估潜在健康问题时,仍应考虑人体和动物抗生素的使用以及肠道微生物对抗生素的抗性
6 转因食品可能具有毒性
• 一些研究学者认为,对于基因的人工提炼和添加,可能在达到某些人们达到的效果的同时,也增加和积聚了食物中原有的微量毒素，此外，抗虫作物残留的毒素和蛋白酶活性抑制剂可能对人畜健康有害，因为含有抗虫作物残留的毒素和蛋白酶活性抑制剂的叶片、果实、种子等,既然能使咬食其叶片的昆虫的消化系统功能受到损害,就有对人畜产生类似伤害的可能性。
关于转基因食品的毒性问题,主要是通过一些相关的动物实验来检验。1998年，苏格兰Rowett研究院的Putsai博士用转雪莲花凝集素基因（ GNA） 的马铃薯饲喂大鼠,引起大鼠器官生长异常、体重减轻、免疫系统遭到破坏，这一结果在当时引起轰动，虽然后来英国皇家学会专门组织了评审,指出这项实验有6条缺陷，但还是由此激发了公众对转基因食品安全性的质疑。
