农产品收购抵扣凭证税收管理有三个难点
一、填开对象难确定。实际在收购农副产品时存在有农民的自产产品，农民“经纪人”走村串户收购、整理、运输到使用单位的农副产品，还有工商业者的操作行为。因此，只从填开的票据上区分是否是农业生产者个人，一时难以界定，从身份上确认又难以取证，使税收管理者处于两难之中。
二、购销业务难界定。现行政策规定，收购发票仅限于纳税人向农业生产者收购自产免税农副产品时填开，经营者出售免税农副产品，应由经营者出具发票，在收购农副产品时，纳税人又是在脱离税务机关现场监管的情况下自行使用收购发票的，使得收购发票不但在向农业生产者收购时使用，而且对应由经营者提供销售发票的业务也使用收购发票。有时对批量大的经营者，还采取一次购进，分次开收购发票的办法，甚至虚拟生产者个人，填开收购发票，使税务机关对这些购销业务很难界定。
三、经营数量和价格难核定。由于农副产品收购凭证都是由收购方自行填开的，在开具收购凭证时，无法了解其购进价格和购进数量。同时由于大多数农民没有妥善保管收购凭证的习惯，在收购凭证的征后审核中，税务部门只能针对发票填开情况、票面栏目间的逻辑上进行审核，很难做到票票、票账、票物的核对，对经营数量和价格的真实性难以掌握。
为解决上述难点，建议采取以下三项措施：
一、从农产品收购企业生产经营过程中审核收购发票。一是了解纳税人的资金规模、仓储能力与收购数量是否匹配；二是看投入产出比与产量、收购数量是否匹配；三是单位能耗与产量、收购数量是否匹配。
二、建议取消现行农产品收购抵扣政策。根据内、外销分别对待，对出口外销的企业，采用零税采购、单位核算、出口销售免税的政策；对国内销售，采用单独核算、采购不抵扣，对农产品收购企业测算出一个税负率，按简易办法征销售环节增值税。
三、建议实行实耗扣税法的税收政策。除一般纳税人和小规模纳税人外，都允许其开具收购凭证，收购企业凭已开具的收购发票按实耗法进行抵扣，这样的好处是纳税人只要不做销售，其库存商品就无法减少，进项税额就不能抵扣，可避免纳税人一方面抵扣税款，另一方面又不计提销项税的双向逃税行为。
