一、笛卡尔的方法论
笛卡尔哲学体系的建立主要依靠他的方法论，通过方法论，他摧毁旧经院哲学体系的基础，建立了理性时代的规则。
1、普遍数学原则
笛卡尔坚持统一的科学馆，认为所有的科学都统一于哲学。而科学的统一性并不在于研究对象，而在于方法，哲学首先要研究科学方法。他认为数学方法是普遍适用的一般方法，笛卡尔认为应当寻求一种包含古代几何和当代代数的好处而没有它们缺点的方法，即“普遍数学。
（1）数学的一般特征有二，“度量”和“顺序”，普遍数学把数学的最一般特征运用到其他学科上，这两个特征运用到更大范围时需要从哲学上加以界定，使他们获得更普遍的意义。数学上的度量是量与量之间的比较，在数学以外的领域，我们就可以把度量转化为不同对象之间同异的比较。（2）科学研究的顺序有两种：一是从简单到复杂的综合，一是从复杂到简单的分析。在数学中，研究对象是同质的，这两种方法是可逆的。但是在形而上学的领域中，终极原因是无限的上帝，被造的事物是有限的，原因与结果不同质，不能直接推到，因而形而上学不能直接诉诸于终极原因，需要通过分析方法寻找确定的第一原则，在运用综合推导出确定的结论。这就与笛卡尔德另外一个原则相关联。
2、思想原则
笛卡尔按照先分析后综合的顺序，建立了四条方法论原则：
第一，绝不接受我没有确定为真的东西；第二，把每一个考察的难题分析为细小的部分，直到可以适当的、圆满的解决为止；第三，按照顺序，从最简单、最容易认识的对象开始，一点一点地上升到对复杂对象的认识；第四，把一切情况尽量完全的列举出来。
上述四条原则不难理解，即说明了分析的必要性，分析是由复杂到简单的过程，要尽可能细致，直至可以圆满解决，而其最终的目的是要达到完全的真理。
3、普遍怀疑的原则
笛卡尔确立了以上原则后，有由于梦境而引发了他对现有一切知识的怀疑。他认为一定要重建知识，必须找到一个坚实可靠的基础。笛卡尔德怀疑方法是普遍的：
首先，周围世界是感知到的对象，感觉的不可靠性是显而易见的，所以周围的世界时不可靠的。
其次，就是我们对于自己身体活动的感觉好像是确定无疑的，但是在梦境中我们的感觉也同样是确定无疑的，我们不知道如何区别梦中的感觉和清醒的感觉。
最后是数学的观念是简单的，而且是清楚明白的，好象永远不会有错，因为无论是现实还是梦境，2+3永远等于5，正方形永远不会有四条以上的边，但是在笛卡尔看来这种看起来不会虚假的东西也只是未经推敲的假象而已。这里笛卡尔假设了一个邪恶的精灵，把一个根本不存在的对象至于我们的心灵之中，但这并不是思想的产物。就好像一直以来，哲学家对数学基础的追问：数学的观念是从哪里来的？它们有无外部原因？有无客观事实与之对应？这些都是不确定的。因此自身基础不稳定的数学不能成为第一原则。
笛卡尔的怀疑方法属于分析的范畴，通过这个普遍怀疑，他确定可“我思故我在”的第一原则。
二、“我思故我在”
“我思故我在”是笛卡尔哲学体系的起点，也是他普遍怀疑的终点。
（1）根据笛卡尔的“普遍怀疑”原则，分析考虑一切可能性原则后，就只剩下最后一个可能性“思想对思想自身的怀疑”。笛卡尔认为思想可以怀疑外在对象和思想之内的对象（数学的知识等），却不能怀疑自身，即思想在怀疑时，可以怀疑一切思想的对象和内容，到那时对于“我在怀疑”这个事实却不能怀疑，负责一切怀疑边不可以成立，就是说怀疑本
身不能怀疑。（2）“我思故我在”这个命题分为两部分：“我思”和“我在”。“我思”就是思想的活动，包括一切意识活动，无论理性的、感性的还是情感的，更重要的是它属于没有内容的纯粹活动，否则它也就成了可以怀疑的了。“我思”是以意识活动为对象的自我意识，即反思的意识。思想的活动就是反思的活动。（3）思想的主体与反思的主体是一个主体，主体就是实体，“故”并不是实体之间的因果联系，而是本质与实体之间的必然联系。从逻辑上说也不表示从已知到未知的推理。“我思”是该实体的本质，“我在”是该实体的存在。人们只能通过属性来认识实体，实体的特殊属性就是它的本质。“自我”就是这样一个实体，这个实体的全部本质或本性只是思想。（4）“我思故我在”是笛卡尔全部哲学的出发点，它的意义就在于确定了一个“自我”思想实体，下一步便是从这个唯一确定的命题推导出其他确定的知识。这需要从自我思想领域过渡到思想之外的领域，需要克服不同性质之间的隔阂，因此我们需要一个公共标准。笛卡尔诉诸于他已确立的第一原则，认为“自我”观念本身就是一个标准,即一切象自我观念那样明晰的观念都是真观念。因此笛卡尔建立了一个一般的规则，就是：我们极清楚、极明白地想到的东西都是真的。这一规则的建立是笛卡尔方法论的转折点，使他能够从分析过渡到综合并用这些复杂的标准衡量那些对象，并将那些曾经被怀疑的观念再次确立为真观念。
三、关于上帝存在的证明
笛卡尔生活在基督教的传统之中，因此他理所当然的肯定每个人心中都有一个清楚、明白上帝的观念，但是“上帝”观念是从哪里来的呢？这是笛卡尔所要证明的。
（1）笛卡尔说“上帝”观念具有无限的完满性，而“自我”的观念只有悠闲地完满性，从自我的有限性不可能产生出上帝的无限性，理由是原因的现实性不可能小于结果的现实行，这种因果的比较虽在中世界已经出现，但是把它运用于上帝观念与这一观念的比较，笛卡尔是第一人。根据这样的因果观，“无限完满性”的观念只能是“无限完满性”的现实所产生的结果。因此必定有一个无限完满的上帝存在，他把关于自身的观念赋予人类，产生出关于“上帝”的天赋观念。（2）笛卡儿关于上帝存在的证明是安瑟尔谟的本体论证明的新版本，他们都是从“上帝”观念的绝对完满性推出上帝的客观存在，但是安瑟尔谟认为绝对完满与客观存在之间有逻辑必然联系，因此可以从前者推出后者；笛卡尔则认为二者是因果关系，有结果追溯到原因是从简单到复杂的综合。（3）“我思故我在”到“上帝存在”完成了两个不同性质对象系列之间的跳跃。我思是单纯的思想原则，上帝存在是终极原因。从思想的第一原则到上帝存在的论证建立了从主观到客观的过渡。从上帝这个终极原因出发，我们关于外部世界的知识的确定性也就有了保证。
四、物质实体和身心二元论
（1）笛卡尔对于实体的定义是：“一个不依赖其他任何事物而自身存在的东西。”那么严格的说只有上帝才是不依赖于任何东西的存在，上帝是唯一的实体，但实体是个多义词，他可以在相近的意义上运用于不同的对象。在与实体相近的意义上，心灵和物质也是实体，因为除了上帝之外，它们也不需要依赖任何东西而存在。按照笛卡尔的原则我们只能通过属性认识实体，思想和广延使我们所熟悉的无处不在的输习惯，因此从认识论的意义上说，上帝是实体只是一个存在论的设定而已，并没有什么实际意义。(2)根据实体的定义，心灵与物质都是不依赖与它物的存在，它们也不依赖于彼此的存在，思想和广延没有任何共同之处，思想没有广延，广延没有思维，这样笛卡尔得出了二元论：“心灵与物质是两个独立存在的两个实体，他们之间没有相互作用。认识两个实体的组合：身体是物质，自我意识是心灵，这就是“身心二元论”。按照二元论的原则，身体和心灵不相互作用。
