在进行查帐之前，先要针对所查企业的行业、类型、特点，进行充足的政策准备。在企业同财务人员进行座谈了解企业基本概况后，正式进入查帐阶段，应注意让会计把帐目拿齐全。在查帐过程中，对各个帐户该怎样检查，注重看什么，应做到心中有数，要带着问题看，站在一种居高邻下的态势来检查帐目，这样才能克服盲目的查帐、手足无措的查帐，做到活而不乱。
一、先看增值税纳税申报表，对该企业销售及纳税情况有个大概认识，同时记录有关数字，复印申报表，为以后写出稽查报告准备必要的资料。
二、看“销售收入、其他业务收入”帐户方法：
1、该帐户只有贷方发生额，应对比销项税金贷方发生额帐户，看是否有“没有提销项税的收入”；
2、看收入的主要来源，都是销售什么商品，结合该企业特点，看是否函盖全所有有应纳入收入范围的商品、产品、废料、辅助材料，是否有可能漏记收入。
例如：化肥厂的炉灰渣、啤酒厂的废渣、药厂的辅助材料等。
三、看“应付帐款”帐户方法：
1、该帐户主要注重看“借方发生额”，应付帐款帐户借方发生额一般对应“银行存款”，表示还款或者预付。应注重看“摘要”，并对应有关凭证或“银行存款日记帐”，看是否确实如此，有没有“以物抵债”的情况，换言之，该帐户的借方是否对应着“库存商品”、“原材料”、“固定资产”等；总之，只要应付帐款贷方没有对应银行存款，即是异常现象，要追查到底。
2、从“应付帐款”借方发生额，抽查有关付款凭证，看是否有付款方向不一致的问题，即支票头或汇票的收款单位应该与“应付帐款”明细帐一致，否则即是有付款方向不一致问题，或者是接受虚开增值税专用发票。（即支票头的收款单位才是真正的销售单位，但可能该单位不能开增值税专用发票 ，而利用应付帐款明细所列单位来虚开发票）
3、对于商业企业，还应该审查应付帐款贷方发生额，结合“进项税金”帐，并抽查凭证，，看是否有“未付款抵扣”的情况。
四、“应收帐款”帐户审查办法
应收帐款帐户主要审查借方发生额，结合销售收入、其他业务收入帐户及有关凭证，看应收帐款的借方是否对应的是“收入”，如果不是收入，则进一步追查原因。
五、“库存商品”、“产成品”帐户的审查办法
1、该帐户主要审查贷方发生额，“库存商品”帐户的贷方，应该对应的是“销售成本”。所以应结合“销售成本”帐户及有关凭证，看是否是“转成本”；有没有“库存商品”直接对应往来科目等情况。
2、库存商品”明细帐贷方发生额的数量应该和“实物保管帐”的出库数量、出库单数量保持一致。如果把二者对比，出现“实物保管帐”出库数量大于库存商品明细帐出库数量的情况，则说明存在货物出库未在财务帐目反映，并没有记销售情况。
有的商业企业“库存商品”品种众多，也可以用“库存商品”贷方发生额之和同“实物保管帐”出库金额总和相对照，其道理相同。
六、“管理费用”等费用类帐户检查办法
1、看是否有红字冲费用的记录，如果有，追查其对应科目，看是否存在销售低值易耗品，未做销售，而冲减费用的情况。红字冲减费用属于异常情况
2、“管理费用”借方发生额摘要栏，是否有盘亏、毁损的情况，如果有，进一步追查对应科目是否有进项税额转出。
七、“其他业务支出”的审查办法
审查其他业务支出借方发生数摘要或相关凭证，有无提供营业税劳务耗用原材料或库存商品没有做进项税转出的情况。典型的例子是工业企业提供对外服务的运输车队，其耗用的汽油以及其他物料，应该做进项税转出。
八、“营业外支出”的审查办法
该帐户注重审查借方发生额，看是否有对应“原材料”、“库存商品”的情况，如果有，看是否做了进项税转出或视同销售。
九、“营业外收入”的审查办法
主要看其对应的“固定资产”，是否符合“三个条件”，特别注意是否为应征销售税的小汽车，看是否按6%税率（2000年石国税发34号文）征税。
十、“在建工程”、“应付福利费”帐户的检查
注重看这两个帐户的“借方发生额”，看对应科目是否有领用“原材料”、“库存商品”而没有视同销售或进项税转出的情况。
十一、经过以上的帐目检查，帐目情况应该基本清楚，如果没有查出问题，但仍存在怀疑，可实验采用以下方法：
1、对于工业企业可考虑“以耗定产”，根据成本计算单的耗料比例以及实际耗用材料或者电力、燃料，来推测出产量，同企业“产成品”帐相比较，看是否有企业财务帐产成品数量与推测的数量比较，明显偏低的情况。
2、对于商业企业或者工业企业，可以进行“盘库”，看是否有出库未做销售，而且没有记入“实物保管帐”、“库存商品”帐的情况。（实物保管帐同库存商品保管帐是否一致，已经在帐目审查中比较）这是一招“杀手剑”，只是有时候不太容易施行。
十二、要注重一些固定的帐目逻辑关系，如“应收帐款”借方-----对应“销售收入”、“库存商品”贷方------对应“销售成本”、“销售收入”贷方-------对应“销项税额”、“应付帐款”借方-------对应“银行存款”等等，这些都是比较固定的帐目逻辑，在查帐时应多运用“帐帐核对”，以提高效率；而一些不太固定搭配科目的帐目，则要多结合凭证来查证。
