费用的支付和扣还：
1、工程预付款。是指动员预付款和设备预付款。一般情况下该预付款的额度是合同价的10％～20％，工程规模大的或者工程量清单中有通用费的取小百分数，工程规模小的或者工程量清单中无通用费的取大百分数。支付工程预付款的条件是签订合同协议书后，承包人提交了同额度的银行保函，由监理工程师开据付款凭证后，由发包人的财务部门办理支付。可以一次性支付或者多次支付。发包人的扣回方式是：当完成合同价20％或30％时的那个月开始起扣，扣至竣工前三个月，平均到每个月中等值扣回；或者采用公式法扣回： R=(C-F1S)A/(F2-F1)S 其中：R—每次进度付款中累计扣回的金额； A—工程预付款总金额； S—合同价格；
C—合同累计完成金额；
F1—按合同规定开始扣款时累计完成金额达到合同价格的比例； F2—按合同规定全部扣清时累计完成金额达到合同价格的比例。
2、材料预付款。是指合同规定的时段承包人已进场的用于永久工程上的材料和工程设备，发包人按其合同规定的价格的百分比支付材料预付款。支付的条件是进场的材料和永久设备的数量和质量，以及储存条件经监理工程师检查，符合合同规定，一般情况下按有效发货票款额的75％～90％支付。发包人扣还的方式是：本月支付的材料预付款，下月开始起扣，扣至完工前三个月，平均每月等值扣回。
3、保留金。是指为防止承包人违约向发包人交纳的保留金。一旦违约用于补偿给发包人造成的损失。一般情况下都规定，在每月支付的项目价款中扣留10％，作为保留金，累计达到合同价格的5％时，就不再扣留了。也即发包人扣留保留金的最大限额是合同价的5％。在签发竣工证书后退回给承包人50％的保留金；待缺陷责任期（或称保修期或缺陷通知期限）期满后，再退回剩余的保留金。 以上的规定都应明确的写明在招标文件中，作为投标人的投标报价条件。
以上个人意见，仅供参考.具体到你的问题如何解决，由于你们未按上述做法做，建议：把所有未扣还的预付款，从本月至竣工期2～3个月前止，每月平均等值扣回。以上个人意见，仅供参考。
