内设机构
一、党政办公室（环境保护应急管理科）
拟订局机关内部规章制度；组织协调局机关的日常工作，负责文秘、档案、保密、财务、会务、信访、干部人事、机构编制、政务信息、电子政务、政务公开、目标考核和后勤服务等工作；负责办理人大代表建议和政协委员提案；负责机关及所属单位党群工作；拟（修）订和实施环境保护督查制度、工作规范；承办党政一把手环保实绩考核及环保系统年度目标考核工作；负责环境保护目标责任制管理，拟订环境保护目标责任制及目标分解方案并组织实施、督查，提出问题处理和问责及表彰奖励的建议。
二、法制宣传教育科
组织起草环境保护规范性文件；组织环保行政处罚听证工作，组织实施环境保护行政执法责任制，指导、监督和管理环境保护系统行政执法，组织开展环境保护执法检查；负责环境保护行政执法人员的资格审查上报工作和行政执法证件、标志的管理工作；承办环境保护行政复议、行政诉讼、行政赔偿等法律事务；组织开展环境保护宣传、教育、培训工作；负责起草的环境保护规范性文件的审查；负责环境行政处罚案件备案工作；负责环境违法案件调查处理委员会办公室的日常工作。
三、建设项目环境管理科
宣传贯彻执行国家和地方有关建设项目环境管理的法律、法规和规章；组织对区域经济开发、产业发展、资源能源节约和综合利用规划及其他重大经济开发计划进行环境影响评价；组织对重大资源开发项目进行环境影响评价；负责辖区内审查、审批的建设项目的环境保护管理工作；参与建设项目选址；负责对申报登记环境影响报告书(表)、环境保护“三同时”试生产、预验收及竣工验收的审查、审批提出建议意见。根据重庆市环境保护局授权，负责对本县辖区内属重庆市环境保护局审批的建设项目环境影响评价和竣工验收提高审查论证和实施现场监督检查。组织开展建设项目环境影响后评价工作。
四、污染物排放总量控制科（固体废物和辐射环境管理科） 拟订并组织实施我县主要污染物排放总量控制计划；组织实施污染物总量控制工作，承办县政府减排办公室的日常工作；对乡镇（街道）、有关县级部门和单位污染物总量减排工作实施通报、预警、督办、核查核算和考核；督促实施污染物减排项目并组织验收，组织实施排污申报登记、排污许可制度，负责排污费征收企业排放污染物许可证的核发工作，负责建设项目新增主要污染物排放总量指标的审核工作；负责组织开展排污权交易工作，对排污权交易机构实施业务指导；协调县环境监察大队查处涉嫌违反污染物总量减排及限期治理管理规定的案件；参与污染物减排监测和监察系数的核定；负责环境统计、污染源普查和数据更新工作。
贯彻执行国家和本市有关固体废物、放射性污染和电磁辐射污染防治及核安全监督管理的法律、法规、政策和标准；负责固体废物、城区土壤污染防治工作和化学品环境管理，以及危险物品经营许可、固体废物的危险物品转移许可、废弃电子产品处理企业资格许可、危险废物转移联单制度；负责对县核安全及核技术应用、电磁辐射、伴生放射性矿产资源开发利用中的污染防治工作实施统一监督管理；负责监督产生放射性污染、电磁辐射污染的单位执行限期治理和排污许可制度；负责放射源转让、转移活动的审批和备案工作；监督实施核与辐射污染治理项目并组织验收；负责编制核与辐射事故应急预案，组织辐射事故应急和调查处理；参与核事故应急处理工作；负责将违反核与辐射环境管理规定案件的相关资料交县环境监察大队，并协同进行查处；组织开展辐射环境监测和重点辐射源的监督性监测；组织编制辐射环境质量报告书。
五、污染防治科（水环境保护科）
宣传贯彻执行有关大气污染、水污染、固体废物污染、噪声污染和放射性污染防治的法律、法规、政策和标准；对本县大气污染、水污染、固体废物污染、噪声污染和放射性污染防治工作实施协调监督管理；组织拟订环境保护规划、计划并组织实施；组织实施限期治理和停产治理制度，对污染企业的关、停、并、转、迁提出建议意见；监督污染治理项目并组织验收；组织开展强制性清洁生产审核工作；协调有关部门推行清洁生产；组织实施城市环境综合整治定量考核制度和定量考核工作。拟订跨界水体断面水质考核监督管理规定，经批准后组织实施；牵头指导环境保护模范城市创建工作；牵头负责企业上市和上市企业再融资的环境保护核查工作；负责本县环境功能区达标管理工作；指导烟尘控制区、噪声达标区、基本无煤区、无煤区、安静居住小区等创建工作；协调县环境监察大队查处涉嫌违反污染防治管理规定的违法案件；参与拟订重点流域、区域污染防治规划，统筹协调重点流域、区域污染防治工作；负责饮用水源保护区的划分与调整；参与拟订饮用水源地保护规划并实施统一监督管理；协调土壤污染防治工作；承办县三峡库区水污染防治领导小组办公室的日常工作。
六、农村环境保护科
组织实施生态环境质量调查和评估工作，推动和指导本县生态监测评估网络建设，推进以生态质量监测体系为核心的生态质量管理体系建设；参与制定、修改本县生态环境建设规划；参与编制流域综合整治规划；组织拟定全县自然保护区、生物多样性保护、生态功能保护区、面源污染控制等生态环境保护的规划和计划，经批准后组织实施；负责承办国家级和市级自然保护区、生态功能区的审查上报工作；负责监督对生态环境有影响的自然资源开发活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；负责监督检查本县生物多样性、野生动物保护、湿地环境保护工作；负责农村环境保护工作，组织指导农村环境综合整治工作、农村面源污染防治工作、畜禽和水产养殖污染防治工作；参与水土流失和石漠化综合防治工作；指导生态村、生态县、生态示范区及环境优美乡镇和生态村创建并组织考核评审。指导编制中心镇环境保护规划并监督实施；参与生态农业建设；监督有机食品发展工作，指导有机食品生产基地建设；监督农药、化肥、农膜使用的环境安全管理工作；监督实施农村环保项目和自然生态环保项目并组织验收。负责农村土壤环境监督管理工作，组织编制农村土壤环境功能区划和农村土壤污染防治规划；监督农村土壤污染修复工作；完成局领导交办的其他工作。
