败走伊利，万念俱灰
1998年，牛根生是伊利集团的副总裁，也是当年伊利的第一功臣。 然而由于和伊利总裁郑俊怀在企业的发展战略问题上产生了分歧，他被迫辞职。
揭竿而起，暗渡陈仓
牛根生被总裁郑俊怀扫地出门后，回到了北京大学进修。在北大进修的过程，他利用这段时间做了大量的调查研究，听了很多经济学家的课，寻找揣摩自己所不知道的东西，只要自己不知道的他就去学。重新审视了自己在伊利16年的各种经验和教训，让原本在企业中形成的应激反应模式转换成理性的思维模式。士别三日当刮目相看，牛根生原本就比一般人看得高、想得远，经过在北大的沉淀与升华，“蒙牛王朝”的宏伟蓝图在心底酝酿成熟。牛根生结束在北大的进修后他尝试过去人才招聘市场找工作，想看看如果离开了原来所熟悉的环境，离开了乳业，他的价值还有多少被承认，结果发现从事了多年管理工作的自己在别的企业根本没人要。后来有一家乳品企业得知牛根生辞职之后，老板马上找到牛根生，愿意出很高的薪酬邀请牛根生加盟。牛根生向对方提出了一个条件：用我老牛的管理经验和人脉资源入股，让我成为股东。结果，这个条件把对方吓跑了。
他也曾想过开一家海鲜大排档，或是开给别人擦皮鞋的工厂，这些想法都由于种种原因没能实现。
后来正好自己原来的那帮部下被伊利免职。他们一起找到牛根生，希望牛根生带领他们重闯出一条新路。除了伊利人事和财务的负责人，伊利各个事业部的头都到了牛根生这里。他们决定再打造一个伊利！结果，大家起了一个名字叫蒙牛。
1999年1月，蒙牛正式注册成立，名字是“蒙牛乳业有限责任公司”，注册资本金100万，都是牛根生和他妻子卖伊利股票的钱。蒙牛一成立，许多在伊利工作的老部下一批批地投奔而来，总计有几百人。牛根生曾经告诫他们不要弃“明”投“暗”，他自己也不能保证蒙牛一定会有一个光明的未来。但是，老部下们义无返顾地加入了蒙牛的团队。牛根生只从外边请了一个人，那就是伊利原先的党委副书记卢俊，是内蒙古证券委任处长，卢俊既是党政内行，又是乳业专家，还是证券方面的高手，牛根生请她来的目的很明确：蒙牛一开始就要做成股份制公司，让蒙牛有一个健康的开始。
在呼和浩特市一间53平方米的楼房内，牛根生从家里搬来了沙发、桌子和床，蒙牛传奇由此拉开序幕。牛根生明白自己的弱势是“无市场，无工厂，无奶源”，也知道自己的优势是“人才”。跟随牛根生的这批人原先都是伊利液态奶、冰激凌、策划营销的一把手，他们在生产、经营、销售、市场、原料设备方面在行业内都是顶尖的人才，老牛决定采取“虚拟经营”的方式，用“人才”换“资源”。因为伊利从中作梗，开始“虚拟经营”的几次谈判被搅黄了，牛根生只好“明修栈道，暗渡陈仓”。
1999年2月，牛根生经过秘密谈判和哈尔滨的一家乳品企业签订了合作协议，牛根生派8人全面接管了这家公司。通过他们的管理给这家企业带来很好的效益的同时，蒙牛产品也由这家工厂“新鲜出炉”。牛根生虽然隐姓埋名躲在幕后，也没有逃脱继续受打压的命运。竞争对手为了封杀蒙牛，争夺奶源，蒙牛有的牛奶车半路被截，牛奶被当场倒掉。
1999年1月到4月，身处呼和浩特的牛根生一边对远在哈尔滨工厂的8人团队遥控指挥，开始生产第一批蒙牛产品，同时摇身一变成了民工头，在距离呼和浩特和林格尔县较远的地方热火朝天地建起了自己的工厂。
奇招迭出，血路拼杀
伊利统治了市场，蒙牛只能夹缝中求生存，要想扩大蒙牛的知名度，牛根生知道要依赖于常规的营销手段，难以实现重大突围，只能以奇招制胜。蒙牛提出了“创内蒙古乳业第二品牌”的创意。当时内蒙古乳品市场的第一品牌当然是伊利，蒙牛名不见经传，连前五名也挤进不去。但是，牛根生的过人之处就表现在此，蒙牛通过把标杆定为伊利，使消费者通过伊利知道蒙牛，而且留下一个印象：蒙牛似乎也很大。
1999年4月1日，呼和浩特市的老百姓一觉醒来，呼和浩特市主要街道旁边的300块广告牌全是蒙牛广告：向伊利学习，为民族工业争气，争创内蒙古乳业第二品牌！一石能激起千层浪，而300块广告牌同时入市，自然掀起了市场巨浪。“蒙牛”成了内蒙古老百姓热衷谈论的一个话题，人们记住了蒙牛，也记住了蒙牛是内蒙乳业的第二品牌。
5月1日，就在老百姓讨论“蒙牛”的余热未散之时，48块“蒙牛”的广告牌一夜之间被砸得面目全非。牛根生当然明白这是伊利人干的，聪明人善于把坏事变为好事，把危机转化为机遇。牛根生利用广告牌被砸事件让社会关注蒙牛的热情再度掀高，蒙牛开始变得“愈神秘，愈美丽”。广告牌可以被砸，但是把广告印在产品包装纸上，对手应该无可奈何了吧。于是，蒙牛在冰激凌的包装上，打出“为民族工业争气，向伊利学习”的字样；蒙牛表面上似乎为伊利免费做了广告，实际上为自己做广告，默默无闻的蒙牛正好借伊利大企业的“势”，出了自己的“名”。牛根生白手起家，受尽老东家伊利的刁难和打压，硬是在重重围剿之中杀出一条血路。蒙牛乳业凭借着牛根生的过人智慧，实现了高速地发展，从原先的“借势”蜕变成了“强势”。
1999年8月18日蒙牛进行了股份制改造，名字变为内蒙古蒙牛乳业股份有限公司，注册资本猛增到1398万元，折股1398万股，发起人是10个自然人。
后来牛根生启动中国乳都的概念。在所有的口径上都将内蒙古所有的乳品企业打上一荣俱荣，一损俱损的烙印。这样做的直接结果是，蒙牛赢得了政府的支持，使自己的命运和内蒙古的经济发展大局捆绑在一起，抬高竞争对手的同时保护了自己
2000年蒙牛的资金还很紧张，牛根生却突然决定上运奶车桑拿浴车间和闪蒸设备.运奶车桑拿浴车间在国内尚属首例。目的是使牛奶的味道更加纯正。很快蒙牛牛奶的质量在老百姓心目中变得有口皆碑，销量大幅度提升，有些城市甚至出现了蒙牛奶供不应求的现象。蒙牛少挣了一些钱，但是在质量方面和其它产品拉开了档次。
2000年开始，牛根生就制定了帮助农民贷款养牛的策略，辅助别人建奶站的策略，在全国各地建立新工厂的策略。曾经困扰蒙牛的三无问题逐渐瓦解。
2000年牛根生决定上利乐枕（保鲜时间长，像枕头一样的包装）。蒙牛利乐枕一经推出市场，一个月内的销量就超过了帕马拉特，到了2001年，虽然国内各大乳品企业都上了利乐枕，但全部加起来的销量不到蒙牛的二分之一。从1999年到2001年，伊利的主营业务收入和利润总额平均每年递增速度超过40%，2001年主营业务收入突破27亿元；蒙牛则以超过300%的速度翻番增长，2001年销售收入突破7.24亿元。
乳业奇才，铸就辉煌
2002年，蒙牛赢得了“中国驰名商标”和“中国名牌产品”称号。打造“中国驰名商标”最短需要3年，而蒙牛恰恰只用了3年。这正是蒙牛追求高速成长，短时间内成为强势品牌的目标。
2003年10月16日，“神州五号”顺利返回，6时46分，北京指挥控制中心宣布：中国首次载人航天飞行取得圆满成功！几小时之后，伴随着“举起你的右手，为中国喝彩！”的口号，蒙牛“航天员专用牛奶”的广告便铺天盖地出现在北京、广州、上海等大城市的路牌和建筑上，全国30多个城市的大街小巷蒙牛广告随处可见；蒙牛的电视广告也出现在了全国几十家电视台的节目中，“发射——补给——对接篇”在央视和地方台各频道同步亮相，气势夺人，展开了新一轮大规模的电视广告攻势；“航天员专用牛奶”的广告一时之间占据了中国大大小小的超市各个显要位置！
2004年第一届“超女”比赛时，对于蒙牛决定作冠名赞助商的选择，广告业和乳业的大腕们嗤之为“离经叛道”。在人们的印象中，牛奶品牌总是与贤惠的主妇、健康的孩子、温馨的家庭等等传统元素联系在一起；而现在蒙牛却选择了与时尚、勇敢甚至“出位”的“超女”站在一起。
从2003年到2004年一股来自某些媒体质疑、诽谤蒙牛和牛根生的暗流也逐渐形成，一些地方黑势力借助投毒等手段威胁、恐吓蒙牛的事情也开始接二连三地发生。此时的蒙牛，已经积聚了足够的力量，对于这种下三滥手段，就用阳光的办法对付。公安机关出面，暗流和黑势力被一一识破、捣毁，相关责任人受到了法律的制裁。案件查清楚之后，当地政府拟定了对××公司的三项惩罚措施：第一，××公司在新闻媒体上公开向蒙牛道歉，恢复蒙牛名誉；第二，××公司可以出600万对蒙牛诽谤，其造成的损失至少在这一金额的10倍以上，赔偿经济损失6000万；第三，××公司要下不为例、永不再犯！
牛根生只接受了第三条，希望××公司下不为例、永不再犯！老牛有一句座右铭：小胜凭智，大胜靠德，牛根生这样理解自己的这句座右铭：其实就是与自己较劲！发生任何问题，先从自己身上找原因。因为改变自己容易，改变别人难。
2004年6月10日，蒙牛正式于香港联交所主板上市，成为第一家在香港上市的中国内地乳制品企业。按照《福布斯》的排名，当时牛根生身价1.35亿美元，中国富豪排行榜107位。让人大跌眼镜的是，就在外界对牛根生的财富议论纷纷的时候，牛根生却把自己的股份全部捐出，10亿人民币，说不要就不要，老牛将他的散财之举发挥到了极致。
2004年6月，蒙牛在香港一上市，牛根生便马上启动了他的捐献计划——老牛专项基金.牛根生成为“中国捐股第一人”、“全球华人捐股第一人”。
2004年12月28日，蒙牛事业发展促进会注册完毕，宣告成立。
2005年1月12日，老牛专项基金正式成立，老牛专项基金主要用于褒奖对蒙牛集团做出突出贡献的人士或机构，但在员工个人遭遇不幸或生活窘困时，也可向老牛专项基金申请帮助。 2005年4月7日蒙牛外资股东与管理层之间的股权激励计划提前兑现，蒙牛管理层控股公司获奖6260万余股中国蒙牛乳业股票，提前终止曾经被称为千万豪赌的协议。如以当前每股平均5港元的市值计算，约合3.2亿港元。牛根生对记者说：我们刚开完会，管理层这3亿多人民币我们已经决定将其80%捐给对企业发展后劲做支撑的工人和农民。
2005年，蒙牛在董事会下边又成立了顾问委员会，副董事长，总工程师，副总经理，各个部门年龄大的不适应岗位但有经验的元老，都招进顾问委员会，
2005年之后，蒙牛的销售额和市场占有率超过伊利成为全国第一。历过无数挫败与成功后，牛根生已经是宠辱不惊，淡定自若。从有到无的财富涣散，这需要强大的事业心与高度的社会责任心作为支柱。
2006年 牛根生辞去蒙牛集团总裁职务
2009年8月28日牛根生辞任内蒙古蒙牛董事长，但牛根生继续担任公司董事。
2011年6月10日蒙牛乳业发布公告称，其创始人牛根生辞任董事会主席一职，同时委任中粮集团董事长宁高宁为董事会新主席。他将保留非执行董事，并继续参与本集团之策略
规划。
