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目前我国及全世界范围内公认有效的已经上市的治疗乙肝的药物包括干扰素和核苷类似物两大类，它们分别是普通干扰素α、聚乙二醇化干扰素α、拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦和替比夫定共计6种抗病毒药物。
核苷类似物是近年的新药，包括拉米夫定、阿德福韦酯和恩替卡韦三种。其优点是口服用药，很方便；另外适用范围非常广，除了用于慢性肝炎，还可以用于重型肝炎和活动型肝硬化病人，而这两类患者是不能使用干扰素的。
干扰素优势在于可以用于儿童乙肝患者，疗程相对短，治疗一旦获得应答，维持时间较长，复发概率较小。鉴于抗病毒治疗的长期性、有效性和安全性的综合考虑，治疗时一般推荐首选聚乙二醇化干扰素α、阿德福韦酯或恩替卡韦，次选普通干扰素α、拉米夫定、替比夫定。
为什么要首选聚乙二醇化干扰素α、阿德福韦酯或恩替卡韦呢？ 主要原因是以上三种药抗病毒疗效较好，可以长期使用，用药期间和用药之后发生病毒变异耐药的现象较少。
次选普通干扰素α、拉米夫定、替比夫定的主要原因是：
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1.普通干扰素α疗效不如聚乙二醇化干扰素α，再就是普通干扰素α治疗亚裔人种乙肝患者疗效更差，如果选用普通干扰素α治疗亚裔乙肝患者，有效应答率只有20%左右，而使用聚乙二醇化干扰素α，有效率可以提高到50%左右。
2.次选拉米夫定和替比夫定的原因是：二药具有较高的病毒变异概率发生，拉米夫定第一年为14%，第四年则为66%；替比夫定是刚刚上市的新的核苷类新药，其抗病毒的效果不错，优于拉米夫定，发生病毒变异的概率也要小于拉米夫定，但是发生变异耐药的概率仍然高于阿德福韦和恩替卡韦，要就极大影响到该药的使用前景。 首选聚乙二醇化干扰素α、阿德福韦酯或恩替卡韦有无差别呢？ 一般来说聚乙二醇化干扰素α疗程相对短一些，一般为6月—1年时间，适合于年龄较小者，如儿童、少年、青年使用，疗程短，对于想要结婚生育者，相对容易接受。
聚乙二醇化干扰素α不能用于肝硬化患者，也不能用于出现黄疸的乙肝患者，价格偏贵，使用期间会出现一过性骨髓抑制及类感冒等不良反应，这些问题限制了该药的广泛使用。
阿德福韦酯和恩替卡韦主要用于成年人乙肝治疗，暂时不能用于儿童乙肝治疗，这二个药使用起来相对安全，治疗过程中身体没有明
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显不适，抑制病毒速度较快，尤其针对乙肝病毒DNA阴转，疗效显著，但是出现乙肝病毒e抗原与e抗体血清学转换较为困难，治疗一年后乙肝病毒DNA阴转可以达到60%以上，但是出现乙肝病毒e抗原与e抗体血清学转换的概率只有20%左右，这就要求二种药物长期使用，治疗的终点必须看到乙肝病毒e抗原与e抗体血清学转换，对于乙肝病毒e抗原阴性的乙肝，治疗的终点是乙肝病毒表面抗原转阴，这样一来，治疗的时间需要相当漫长。 阿德福韦酯和恩替卡韦使用期间出现病毒变异耐药的情况要好于拉米夫定和替比夫定，阿德福韦使用2年后，出现病毒变异耐药的概率为3%左右，恩替卡韦小于1%，这是这二种药物的优势所在，但是治疗的终点非常遥远，注定二药使用需要持之以恒使用。 极少数使用阿德福韦的患者会出现肾功损害，此时必须换药。 由于每个病人情况不同，临床医生在制定治疗方案时，都会慎重权衡，进行个体化选择，不存在哪个药好，哪个药不好的问题。使用干扰素抗病毒，要严格掌握适应症，严重肝硬化、癫痫、有精神病史、白细胞和血小板低、自身免疫性疾病等患者不能用。用药中要密切监测血象、转氨酶、病毒学指标以及血糖、甲状腺功能等，避免出现严重的副作用。
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使用核苷类药物过程中，也要注意监测转氨酶等肝功能和病毒学指标。
