一、针对不同开发区的财政政策选择
（一）针对重点开发区实施激励型财税政策
重点开发区已经具备了一定的经济快速发展的基础，需要一定的激励机制来刺激其经济潜能的发挥，财税政策应当通过特定的作用方式和工具组合，注重以经济杠杆来重新调度和倾斜配置一部分经济利益，起到引导、激励和约束当地政府和企业加快经济起飞和形成新兴中心区域的作用。对于国家鼓励的产业和投资领域，实施税收优惠、投资补贴、加速折旧、贴息等优惠措施；全面推进增值税转型，实施消费型增值税。
（二）针对限制开发区实施支持补偿型财税政策
限制开发区的开发潜力不大，重点应落在生态修复和环境保护上来，财税政策应当对这类区域加大转移支付的支持力度，并发展生态补偿机制。减免税收主要用于发展限制开发区的特色产业；设立专门的生态效益补偿基金，用于限制开发区域的生态修复和维护；对于直接受益主体收取适当费用来充实相应生态补偿基金，考虑采用从水资源费、水电费、旅游收入等渠道筹集受益者补偿资金，加快建立按照生态环境资源开发利用量征收的生态环境补偿费征收机制。
（三）针对禁止开发区的保障———补偿型财税政策
禁止开发区必须杜绝各种开发活动，但地方行政职能的执行需要必须得以满足，对此类区域，财税政策的定位是以转移支付等保障地方政府的运转和基本公共服务，同时加大生态补偿的力度。财政拨款主要用于保障公共服务和生态环境补偿的转移支付，加强生态修复。
二、构建与我国主体功能区发展建设相适应的财政政策体系
（一）优化税制结构，促进经济发展方式的根本转变
1、改革现行税制，使财政收入规范和稳步增长。第一，通过税费改革，理顺税费关系第二，将中央与地方财政税收收入分配方式转换为大多采用共享税方式的形式，以有利于调动各省建设主体功能区的积极性。第三，适时开征新税种，扩大财源。
2、优化税制结构，建立促进生态环境管理的税收体系。第一，利用增值税和消费税的调节导向，引导人们的消费结构。第二，调整资源税，开征环境税，加大环境污染惩处力度。第三，积极推进适合各主体功能区的财税体制改革试点。
（二）构建与主体功能区相协调的财政转移支付制度
1、科学合理确定财政转移支付目标。进一步规范政府与市场、中介组织、企业之间的关系，切实转变政府职能。
2、构建与主体功能区相适应的纵向转移支付制度。
3、构建针对主体功能区的地区间横向转移支付机制。可通过多种形式，向欠发达地区、重要生态功能区、水系源头地区和自然资源保护区倾斜。
4、进一步完善省以下转移支付制度。
（三）构建与主体功能区政策相适应的预算投入和横向生态补偿机制
1、进一步完善我国现行的对口支援制度。改革和创新传统的对口支援制度，加大东部沿海等省份对中西北部省份的技术、资金、劳动力资源对口支援。
2、逐步加大对生态补偿的公共预算投入比例。中央和地方财政对环境保护的支出应加大投入生态恢复的比例。
3、探索建立跨地区和跨领域的生态补偿机制，构建财税生态补偿机制，建立区际生态基金模式的横向生态补偿制度。
