公文处理程序指机关公文的传递、签收、登记、分办、拟办、承办、催办、办结、立卷、归档和销毁。公文处理必须做到准确、及时、安全，各个环节,应力求当日事当日毕。一般应在十五天内办理完毕，并答复报文单位。因问题复杂,十五天内难以办结的,应向报文单位说明情况。紧急文件随到随办。有时限要求的文件，必须在时限内办完。
一般过程
1．第一阶段：公文的收受与分流
（1）签收。指履行规定的确认、清点、核对、检查、签注手续后，机关设置的外收发人员、通讯人员从发文机关、邮政部门、机要通信部门、文件交换站，或通过自备通信设备收取公文。（2）外收文登记。即由外发人员在完成签收工作后，对收文情况做出简要记载。（3）启封。即外收文登记完成后，公文送至机关统一或分别按内部机构设置的内收发部门 （或人员），由其签收后，统一启封或径送有关领导者亲启。（4）内收文登记。即由内收发人员对收文情况做出较详细记载。（5）分办。即经对收文进行分类筛选后，由指定的有关人员根据公文的重要程度、各部门职责分工及有关程序规定将公文分送有关领导、有关部门工作人员阅知办理。（6）摘编。由文件管理人员对部分准备投入办理过程的重要文件进行的加工活动，主要是针对这些文件写文摘、提要、综述，汇集有关数据资料等。
2．第二阶段：办理收文
（1）拟办。由部门负责人或有关具体工作人员经过对公文进行认真的阅读分析，提出建议性的处置意见，供有关领导者审核定夺。（2）批办。即机关领导者或部门负责人对公文提出处置意见。（3）承办。即有关工作人员按批办意见具体处置公文所针对的事务和问题。（4）注办。即由承办人签注公文承办情况，以备忘待查。
3．第三阶段：组织传阅与催办查办
（1）组织传阅。指独份或份数很少的公文需经多部门或多位工作人员阅知处理时，使公文在他们中间得到有效传递和阅读。（2）催办。由公文处理管理机构根据承办时限和其他有关要求对公文承办过程实施的催促检查。（3）查办。由公文处理管理机构或其他专门组织对重要公文实际执行情况所进行的核查协办工作。
4．第四阶段：处置办毕公文
包括：立卷归档、清退、暂存、销毁等。
