目前东亚地区是世界经济增长速度最高、人口最多的地区，被称为支撑世界经济格局的三大板块之一。中韩日三国经济占据了东亚整体经济规模的90%左右。随着经济全球化，中日韩三国间的双边贸易规模也不断扩大。
构建中日韩自由贸易区面临的主要障碍:
1、中日韩三国经济发展水平参差不齐。从经济发展阶段来看，中国属于发展中国家，日本属于发达国家，韩国属于新兴工业化国家。从经济体制看，日韩是成熟度比较高的市场经济，而中国仍处在向市场经济转轨的进程之中。越差异明显的经济结构使各国需要进行的经济结构调整的程度越高，面临的社会压力和阻力也越大。
2、中日韩三国间政治互信度相对较低。尽管目前中日韩三国不存在尖锐的政治和安全矛盾，但由于历史遗留问题使得三国间的政治互信基础不够牢固，日韩在独岛和中日在钓鱼岛的争端，以及中日韩海洋权益的分歧，都不可避免的将对未来的地区合作产生影响。日本在二战期间对中韩的野蛮侵略犯下罪行的历史缺乏足够的反省和认识，也成为三国进行自由贸易合作的重大障碍。
3、农业因素。农业是影响建立中日韩自由贸易区的主要因素之一。日本农业是一个相当敏感的领域，其耕地资源十分有限，农业部门的劳动生产率也极低，是一个农产品高度依赖进口的国家。然而日本的农业集团是一个相当特殊的利益团体，农民是日本自民党最大的支持者，与政治有着紧密的联系。这一国情使日本对落后的农业大行贸易保护之风，限制农业自由贸易的发展。韩国农业的保护程度也较高，中国是一个农业大国，农业问题也是制约经济发展的一大问题。在自由贸易区构建的过程中，若日韩一直不愿开放农产品市场，中国农产品的比较优势将无法发挥。
4、美国的制约。美国是构建中日韩自由贸易区的重要区域外制约因素。为维护世界霸权和全球利益，美国不会对另一个区域集团的崛起和发展无动于衷，它会千方百计地通过直接和间接的手段对建立中日韩FTA施加影响。目前，中日韩三国对欧美市场的依赖程度很深，因此欧美国家的态度将对建立中日韩自由贸易区产生极为重要的影响。
中日韩自由贸易区的建立，不仅对中日韩三国会产生很大的影响，而且还会带动整个东北亚区域合作与东亚经济圈的形成。虽然目前面临着许多障碍，但是建立中日韩自由贸易区既是区域经济发展的大势所趋，也是三国深化经贸合作的必然选择。
