手册办理流程如下：
一、先申请办理加工贸易业务批准证。（办这个证就需要用到外经委的电子钥匙进行网上申报）。具体流程及所需要资料如下：
1） 进口料件合同（复本）
2）出口成品合同（复本）
3）加工贸易业务批准证申请表 （网上系统里有表格可以填好，等主管外经贸部门审核通过后打印现来即可）这里需要注意的是上面的所有信息都是跟据进出口合同上的金额，数字及品名来填的，不可以与进出口合同不一致。
4）进口料件备案登记表 （网上系统里有表格可以填好，等主管外经贸部门审核通过后打印现来即可） 这里所填报的进口料件要与进口合同一致，且要与以后要办理的手册上的进品料件一致，尤其是海关编码不可以选错，品名描述一定要按海关规定来填写，因为这里审批好之后还要去海关审批，如果通不过去改单比较麻烦和费时。且进口的料件一定要与这个数字一致，多进少进都不行，多进的要补税，少进还比较好处理一点。
5）出口成品备案登记表 （也是在网上填好，发到当地外经贸主管部门审核的） 出口成品要与合同一致，且以后出口要严格按照此表格上的数量来出货，多出少出都不行。否则无法核销的进口料件或补进口关税。
6）成品对应料件单耗表。 这里要填的是成品单耗（这里的单耗是含正常损耗的，也就是你填上去的数字乘以出口成品数量要刚好等于进品料件数量，不能有余料的）。 这个是进料和来料加工中最难做的一点，单耗一旦备案是不能更改的，如果错了，让海关查出来，余料一般要补税或交到海关仓库的。
所有资料填好后发到当地主管外经贸部门审批，这里需要注意的是以上6份表格要准备1式4套（所有单证上要敲公章），一套一套按顺序订好，拿过去审批。 拿去之后，外经贸主部门留一套，发给你三套，其中有一套是需要拿到海关备案的（上面盖有骑缝章），一套自已留底（以后要改单或是内销或是什么样的时候要用），还一套要到国税局备案。
二、外经贸主管部门备案好之后，拿外经贸主管部门审批的，《加工贸易业务批准证》到国税备案。记得把三套全拿去，国税会留下一套备案，另外两套敲章还给你。
三、这些都办好之后就可以用CJ2000系统进行网上审报手册了。 办理手册需要提交的资料如下：
1）外经贸主管部门审批签发的《加工贸易业务批准证》（记得这一套是外经贸主管部门盖骑缝章的那份，里面有进口料件合同和出口成品合同。）
2）委托加工协议（如是有自营进出口权的工厂，就不用了）。
3）企业生产能力证明（ 如属于委托加工行为，两家单位都要的）.第一次办理要正本，以后可以复印件盖公章。
4）银行开户许可证 （每次办理手册都要，需要多复印一些留着，要用时盖上公章即可）
5）加工贸易合同备案申请表 表一:加工贸易合同概况表，需要用到CJ2000系统在网上填写，填好后发到海关审核。这份与办理加工贸易业务批准证要填的内容差不多，在做的时候一定要做到彼此一致。 嘉兴海关是到这个网起址办理的：
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6）表二:进口料件表 要求办理加工贸易业务批准证一样
7）表三：出口成品表 与办理加工贸易业务批准证时一样的内容要填
8）表四：成品对应料件单损耗情况表与办理加工贸易业务批准证时一样的内容要填,而且要做到彼此一致。 5）到8）点所有表格都是到CJ2000里面网上填报，发送到海关的，在海关有确认之前要自已打印出来敲公章，因为海关一旦确认之后，手册核发掉之后，这几份表格你就无权调出来了，到海关调单出来要收费的。
9）中华人民共和国海关加工贸易单耗审报单， 这份表格是到海关的网站上下载，并自已填好打印的，敲上公章。具体可以参考海关总署公告2007年第23号，这份公告各地海关网站上都有，用GOOGLE搜一下就出来，下面有附件的。
10）空白手册一本。到海关买的，RMB5块一本，记得拿到之后在上面盖上公章。 把上面提到的所有东东都放在里面，交到海关。
11）排料图，这个很重要，是海关审核服装企业单耗是否合理的依据。如果不是做服装的企业，需要提供的是其它资料，以证明自已的出口成品是需要用多少原料的。
上面10份单证是每次办理手册需要提交的单据，如果是第一次到海关办理手册，还需要提交以下资料：
1)营业执照（复印件盖公章） （如委托加工，则两家单位都要）
2)税务登记证（复印件盖公章）（如委托加工，则两家单位都要）
3）组织机构代码证（复印件盖公章）（如委托加工，则两家单位都要）
4）房屋产权证（复印件盖公章）（如委托加工，则两家单位都要）
5）外商投资企业业务批准证（如是三资或外贸投资企业需提供）
6）生产单位开户许可证（第一次办理，属于委托加工的要提供，如果是自已进料，自已加工，就没有这份文件了）
上面6份资料需要扫描通过CJ2000系统上传到海关和填好的表格一起发送到海关。
如果没有问题，海关审好之后就可以交钱拿手册了（所交金额大概在70块，是海关的预录入费），如果第一次办理要交风险担保金（与进口关税+增值税等值金额），交完之后才可以拿手册。 第二次办理就不用交了。 但是如果你们进口或出口的产品属于限制类的，则第二次要交保证金，而且如果你的加工单位或经营单位任何一方是属于厂房租赁的，第二次办理还是要交风险担保金的。
