一、化肥污染的处理
1、改进施肥方式，正确施肥
正确施肥首先要使化肥的施用量合理，化肥的挥发、随径流的损失、渗漏淋失在一定程度上都与施肥量正相关，所以减少化肥流失的关键是源头控制，即减少化肥用量。要综合考虑目标产量、土壤养分状况、其他养分输入情况、环境敏感程度，确定施肥量，以保证作物高产，收获后土壤基本无残留。深层施氮，肥效长而稳，后劲足，既可减少直接挥发损失、随水淋失及反硝化脱氮，还可减少杂草、稻田藻类对氮肥的消耗，而且有利于农作物根系发育。
2、增加有机肥用量
大量增加土壤有机肥用量, 合理控制化肥施用量,调整氮磷钾比例。有机肥可增加土壤有机质含量, 提高土壤微生物活性, 改良土壤团块结构和物化生物性 质, 使土壤保持良好的生产状态, 减少土壤对氮磷钾的固定, 充分供应植物营养。
3、培肥土壤，选择适宜的耕作措施和灌溉方式
采用传统的精耕细作方法, 配以新的科学技术进行土壤改良和培肥地力，来减少化学肥料的使用并提高土壤肥力。
4、采用生态农业种植技术栽培
生态农业能够减少、清除化肥引起的污染和恶性循环, 获得良好的经济、环境、社会效益。水稻稻鸭混养可以通过鸭子的杂食性达到稻田除草除虫并可以做到鸭粪还田壮稻，最后达到稻鸭的“双丰收”。稻草、人畜粪便进行沼气发酵, 既可得到能源、杀虫灭菌、消除污染, 又得到优质沼气肥用于农业生产。
5、对于受化肥污染比较严重的土壤, 施用起抑制作用的物质（如：硝化抑制剂）
硝化抑制剂又称氮肥增效剂，能够抑制土壤中铵态氮转化成亚硝态氮和硝态氮，提高化肥的肥效和减少土壤污染。由于硝化细菌的活性受到抑制，铵态氮的硝化变缓，使氮素较常时间以铵的形式存在，减少了对土壤的污染。
6、加强土壤肥料的监测管理
以绿色生态农业生产为标准，注重管理，对化肥中污染物质的监测严格检查，防止化肥带入土壤过量的有害物质。
二、农药的污染处理
1、提高测报水平,合理选用农药；
2、调整农药的施用结构、使用方式及施用量，加强生物防治并推广无公害的农药使用；
合理使用农药及农药用量，避免盲目用药。注重生物防治、物理防治与化学防治相结合，综合防治，做好病虫害的预测预报工作，注意杀虫剂、杀菌剂、除草剂之间的合理比例，应优先考虑生物防治结合人工防治，充分利用自然天敌，尽量减少化学农药用量。禁止高毒低效高残留农药的使用，加大生物农药和新型广谱高效低毒残留农药的推广使用。
3、采取生物降解农药； 生物降解是有机农药在水体环境中有效环保的治理途径，就是通过生物的作用将大分子有机物分解成小分子化合物的过程。其中，微生物是有机化合物生物降解的第一因素,具有降解和转化有机农药的巨大潜能。生物降解包括动物降解、植物降解、微生物降解等。
4、用MLHD减少农药污染
荷兰植物研究中心和荷兰遥感公司率先提出了除草剂最低致死剂量使用技术，简称MLHD技术。其优势在于，可以及时预知结果，降低杂草防治的风险；降低施药剂量，减少环境污染；精确施药，减少药害发生的风险，节约生产成本，增加作物产量；减少药剂的选择压力，降低抗性杂草发生风险；降低药剂在作物及粮食中含量查表的风险等。
5、对农药、化肥包装废弃物进行回收处理；
6、减少农药残留；
减少农药残留的方法主要有，大力开展综合防治；禁止施用高毒、高残留农药；发展高效、低毒、低残留及无公害新型农药；科学合理地使用农药；加强农药残留监测等。
7、启用在线生物检测技术，预防农药突发性污染。
