而调查中发现一些农民不参加新型农村合作医疗主要是基于新型农村合作医疗的保障水平低，农民了解不深，怕政策有变，认为是把自己的保险金拿去补偿别人了等的考虑。而参加新型农村合作医疗的农民不满主要是因为保障水平低，参加和办理报销的程序繁琐等。此外政策不公等导致新型农村合作医疗制度的社会满意度低。
保障水平低
新型农村合作医疗制度是以大病统筹兼顾小病理赔为主的农民医疗互助共济制度。这个定义显示出新型农村合作医疗制度是救助农民的疾病医疗费用的而门诊、跌打损伤等不在该保险范围内，这项规定使得农民实际受益没有预想的那么大。
新型农村合作医疗宣传 新型农村合作医疗宣传
现有的宣传多集中在介绍新型农村合作医疗给农民带来的表面好处上，没有树立起农民的风险意识，也没有体现出重点，没有对那些不参加的农民进行调查，使得宣传大多停留在形式上。许多农民并不真正了解新型农村合作医疗制度的意义，他们仅从自己短期得失的角度考虑，由于自己身体好，生病住院的概率低，没有必要花那个冤枉钱。还有一些农民认为它跟以前的义务教育保证金一样，最后被政府骗走了，认为是把自己的保险金拿去补偿别人了。宣传也没有把具体的理赔标准发给农民，使得他们在理赔时，看到那么多药费不能理赔一些农民有被欺骗上当的感觉。
首先，参加新型农村合作医疗登记程序繁琐。 其次农村合作医疗的报销程序也很繁琐。城镇居民的医保都是可以拿来抵押一部分医药费的，可以直接在卡上交医疗费的，事后再来结算。国外的医疗保险更是让医院、医生与保险公司而不是患者发生直接的利益关系。有的村庄离报帐中心和信用社很远，来回的车费都比较贵。繁琐的登记、理赔程序增加了农民许多不必要的麻烦，降低了农民的满意度。
自费药或进口药等是不包括在内的。
但是保障范围有限，是不可以报销全部的医药费的。
一是因为农合有起付线，起付线以下的部分不予报销，起付线以上的部分按比例报销 农村合作医疗住院门诊、检查费较大，但合作医疗报销金额微不足道；
农村合作医疗的优点在于:老百姓，特别是困难群众，只要交很少的钱，就可以在患大病时得到一定比例的报销，防止因病返贫；缺点是当前的管理制度跟不上，让部分医生或医院钻了空子，套取了国家资金
