行税收征管模式弊端凸显，更深层次的原因是中国的税源状况已发生深刻变化。纳税人数量急剧增长，跨地区、跨行业大型企业集团相继涌现，纳税人的经营方式、经营业务不断调整、日益复杂。纳税人的法律意识和维权意识不断增强，涉税诉求多样化、服务需求个性化的趋势日渐明显。
“由此产生了两个冲突，一是经济全球化和税收征管属国化的冲突，二是经济跨区域化与税收征管属地化的冲突。”李林军说，现行税源管理和征管模式明显不适应。主要问题是,以促进税法遵从作为税收征管根本目标的理念尚未形成共识，以收入论英雄、把完成收入任务指标作为征管主要目标的观念依然较为突出，影响了依法征管的落实。 此外，征管程序不完善，纳税评估不规范且相对弱化，与税务稽查存在工作交叉；征管方式、组织机构不适应专业化、信息化要求，仍存在着省以上各部门自行多头设置调查审批项目、多头要求基层和纳税人填报报表、多头下达评估和检查任务等现象。
显然，现行落后的征管模式已难以为继，变革早在五年前悄然启动。首先是国税总局提出要树立“征纳双方法律地位平等、纳税服务与税收征管并重”的理念。2008年，肖捷就任国税总局局长不到一年，便在国税总局成立纳税服务司，主要职责是组织实施纳税服务体系建设，组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉等。 肖捷强调，征管制度的安排，要进一步划清征纳双方的权利义务，明确纳税人自主申报的主体地位，税务机关主要是搞好服务与管理工作，最大限度地减轻纳税人的办税负担，提高纳税人满意度和税法遵从度。
“突出纳税服务是很重要的一个理念变化。”许善达说，国税总局强调纳税服务，而且纳税服务在整个征管工作中占了很大份额，包括税务机关人力、物力、财力的配置都增加了很大的比重，这是征管体制改革一个新的理念，这项措施很有成效。
另一明显的制度变革，则是适应企业组织形式、经营方式和业务等变化，税务部门全面重构征管程序、转变税管方式、调整税务机构设置和人力资源配置，打破行政区划和层级界限，同时在横向和纵向调整和整合。推行税源专业化管理试点，对税源按企业规模分类，在不改变税款入库级次的前提下，由不同层级税务机构以专业化、信息化方式管理，由以票控税向信息管税转变。
为此，国税总局成立了大企业税收管理司，主要职责是为大型企业提供纳税服务，实施税源监控和管理，开展纳税评估，组织实施反避税调查与审计等。2010年，国税总局确定江苏、安徽、上海、河南、广东、青岛国税局和广东、山东地税局开展大企业税收专业化管理试点。国税总局决定，对规模大、跨区域经营的纳税人，可提升管理层级，开展专业化团队式的分析、评估（审计、反避税）和稽查等；对中小企业可按行业进行管理；对个体工商户可实施委托代征的社会化管理，对个人纳税人要加强源泉控管。 大企业税收专业化管理以总局和省局为主，实行大企业扁平化管理、个性化服务和团队式管理。目前，国税总局已建立了定点联系企业制度，选择45户有代表性的大企业作为首批定点联系企业，直接组织实施相关税收服务与管理工作。国税系统已有31个省局选定了776户定点联系企业，地税系统已有12个省局选定了295户定点联系企业。国税总局、各省局不再是一个单纯的管理部门，除了做税务系统内的行政管理，有一部分人要从事实际征收管理业务。 许善达称，纳税人对税务局意见比较大，一是税务局层级多，二是同级税务局里有很多部门，不同层级的税务局和不同部门，按职责都有权到企业去检查的职能。但是，对一个纳税人来说，横向要面对很多部门，纵向面对很多级别，都来检查，纳税人非常厌烦。而且管理部门越多，执法过程中出现不同的理解就越多，纳税人就无所遵循，遵从成本就比较高。“现在要解决这个问题，减少管理纳税人的层级和部门，这是正确的方向。”许善达说，确定的大企业，原则上只由大企业管理部门管理，下面的分局和税务所就不用再管了，也不用去检查了。根据企业规模，有些归国税总局大企业司管，有些归省局管，有的归市局管，级别上不再交叉管理，大大降低了纳税人的遵从成本。
安徽
国税：省市县局税源管理实体化。省局成立税源管理局、稽查局，直接对跨地市经营大企业进行评估和稽查；市县打破属地界限，按纳税人规模设置税源管理机构；集中全省人才组成风险监控分析专业团队，选择90个重点行业，以省局为主建立数据仓库和行业评估模型，直接对全省17万户企业进行风险扫描和识别、等级排序、风险应对任务推送和结果考核 江苏
国税：开发应用一体化税源管理平台，按“逻辑扁平化”思路，全面推进税源专业化管理，对大企业实施“省局+行业办公室”团队管理模式，在省级实现风险信息自动生成、按户归集、自动排序和应对任务统一下达；将税源管理事项分为基础管理和纳税评估，将纳税人依申请及调查审批等事项集中在办税服务厅处理，减少税管员自由裁量权 地税：在全省市区范围内打破属地管理、取消税管员固定管户，设立税收风险监控管理部门，负责税收风险的分析识别、风险等级排序、风险任务应对下达和结果的监控考核；按照纳税人规模、行业设置税源管理部门，与纳税服务、稽查部门一起，负责落实监控管理部门下达的风险应对任务 海南
国税：全省国税系统作为一个征管整体，打破层级界限，改变各层级机构按全职能设置的传统做法，按“一体化”要求划分了省局、市县局、分局职责，调整职能部门和执行机构，整合税收管理业务和再造业务处理流程，实现了省局集中统一管理 山东青岛
国税：以服务、征管、监督为一体，在横向上分离税管员职责，突出强化纳税评估的核心职能；在纵向上完善风险管理运行机制，在市级组建专业团队，开展风险识别分析、任务统筹部署，直接参与风险应对 山东
地税：全省上下成立税源管理部门，负责税收风险分析识别、排序、评估任务配送、本级重点税源的直接评估和对评估结果的考核；税收收入任务只分解到税务分局，税收管理员不承担税收任务，主要负责纳税评估等 广东
地税：在全省开展税源专业化管理试点，在区县范围打破属地管理，分设重点和一般税源管理局，税管员由一人管多户转为分岗位管事
