我市农民专业合作社正式起步于2000年，经过6年的发展已步入有序规范阶段，运行质量正在稳步提升。截止2006年6月底，全市有农民专业合作社588家，注册资金7639万元，社员3.7万户，带动农户25万多户，其中完成了规范化改造的合作社158家，合作社注册商标435个，获国家无公害农产品认证61个，基本覆盖了我市的种植业、养殖业、海洋渔业等20多个特色主导产品。06年上半年，全市合作社实现销售收入11.1亿元，返还社员收益7193万元。农民专业合作社正日益成为我市农村经济发展不可忽视的力量。农民专业合作社作为一个新颖的合作经济组织和一种特殊形态的企业，在组织形式、运行机制、收益分配、扶持政策上都和一般的企业有着本质的区别。因此，政府部门必须加强对农民专业合作社的监督和管理工作。
1、实行双部门成立确认监管制度。由于农民专业合作社不同于一般企业，所以建议政府应在法律上赋予农业行政主管部门对合作社的成立及运行进行监管。合作社的成立实行“双部门确认制”，即实行工商行政管理部门和农业行政主管部门分开确认。具体操作实行“宽登记、严确认”的政策，即：工商行政管理部门负责确认合作社的经济法人地位，合作社设立后到工商行政管理部门登记取得经济法人地位，但不能马上取得法人营业执照，只准许以“准合作社”的身份进行运行，此运行期间不能享受国家给予合作社的各种扶持政策。农业行政主管部门负责确认企业的合作社性质，合作社到工商行政管理部门取得经济法人地位后，还要由农业行政主管部门在合作社运行一阶段后对其运作机制进行全面考核，判断其是否符合合作社的特征，工商行政管理部门在农业行政主管部门确认时间内核准后发给合作社营业执照，享受国家给予的各种扶持政策。确认时间可以是农业生产的一个周期，一般在一年内。
2、实行运行监管制度。在合作社取得确认后，农业行政主管部门要继续对合作社实行监管，通过培训班等形式培训合作社负责人，增强他们的合作意识、诚信意识。要监管合作社的社员构成比例、股份设置情况，检查合作社的社员大会制度是否正常，表决制度是否符合章程规定，收益分配是否执行章程规定，理事、监事是否切实履行了职责。一旦发现合作社在运行过程中有违反法律所规定，合作社的性质发生变化的，应责令其改正。如合作社在规定时间内不能改正的，则应吊销其营业执照，并取消、追回合作社在违法经营期间已享受的特殊政策。
3、实行财务监管制度。《浙江省农民专业合作社条例》第二十一条只规定：“合作社向农业行政主管部门提出财务审计要求的，农业行政主管部门应当对合作社进行审计，审计不得收费。”《农民专业合作社法》第三十八条规定：“设立执行监事或者监事会的农民专业合作社，由执行监事或者监事会负责对本社的财务进行内部审计，审计结果应当向成员大会报告。成员大会也可以委托审计机构对本社的财务进行审计。”这一规定不利于农民专业合作社的外部监管。法律应赋予农业行政主管部门对合作社的审计监督权，农业行政主管部门有权审查合作社是否按严格执行国家的财务制度、会计制度及合作社章程中规定的收益分配，是否严格按照报批项目使用国家扶持资金。因为合作社取得法人地位后已作为一种特殊形态的企业与外界包括政府在内发生了经济关系。同时，税务部门要加强对合作社的销售监管，规范合作社的销售发票，做到销售发票必须使用税务部门统一提供的发票。税务部门要重点加强对合作社销售非社员产品的监管，严格要求合作社执行《浙江省农民专业合作社条例》第十九条规定，防止国家税收的偷漏。
