有清一代，特别是清朝中后期以来，清政府已日益腐败，强制推行民族压迫和宗教歧视政策，在政治、经济、法律、官吏任用和各方面都对回族进行残酷的民族压迫和无理歧视。如法律规定，回民犯法处罚较其他民族为重。在犯法回民头上刺以“回贼”字样，以示侮辱。官方文件中屡将回族之回加上反犬旁，以示回族“不伴于人类”。清朝地方官吏对回族人民横征暴敛外，还常常挑起回族内部各教派之间、回汉之间相互的争斗，以图达到以汉压回、以回治国的险恶目的，有的地方（如云南、陕西）官吏甚至亲自布置和参加屠杀回民的活动，使回族人民最起码的生存权利受到极大威胁，因而必然遭到回族人民的强烈反抗。这其中，未刺印、了国栋的甘州起义是反清运动的开始，苏四十三的循化起义和田五的石峰堡起义是反清运动的继续，还有贵州张凌翔、马河图、四川蓝朝鼎、蓝朝柱等人的起义。在太平天国革命影响下，杜文秀的云南起义和白彦虎等人的陕甘西北起义影响最为深远，对清朝的打击最为沉重，同时对回族社会的损失也 最为巨大，举世罕见。从这里我们不难窥见回族人民刚直不阿，视死如归的性格和以左宗棠、岑硫英为首的反动刽子手们灭绝人性地进行倾族大屠杀的 丑恶罪行
云南是回族较集中的地区。回族人民为云南的开发自元代以来便作出了杰出的贡献。但道光之后，欺凌、侮辱国民事件时时发生，而清政府往往处理不公，造成回汉仇杀。醒悟过来的回汉人民终于举起了义旗，把反抗矛头对准清政府，于是由杜文秀领导的以回族人民为主，联合汉、彝、白、傣、纳西、景颇、傈僳等族 人民的武装起义终于于咸丰初年爆发，建立了大理政权，废除了清朝年号，制定了“遥奉太平天国南京号召，革命满清”和“联合回汉一体，竖立义旗，驱逐鞑虏，恢复中华，剪除贪污，出民水火”的革命纲领，规定了各民族之间一律平等的原 则，并设文武职官，各司其职，采取了一系列发展经济的措施，为安定社会秩序， 协调民族关系作出了可贵的贡献，并形成了波及全省的回族及各族人民反清运动，给清王朝在云南的反动统治以极其沉重的打击。后来在清军优势兵力和洋枪洋炮的进攻以及策反起义将领的阴谋下，轰轰烈烈的云南回民起义坚持了整整18年之后被反动统治者残酷地镇压了下去。清政府灭绝人性的本质在镇压回民的起义中也暴露无遗，比如清军夺取大理后，仍对大理城内及近郊起义军进行了血腥大屠杀，仅此一次回民被杀者就达10万余众，然后再把死者的耳朵和手剁下，装上几十大筐，送到昆明去夸功。所以有人估计，这次长期战斗死人总数在500万以上（据白寿彝先生文章，笔者估计这个数字也包括非回族死亡人数）。起义失败后，回族大量的财产被充公或被军官们占为己有，大量的人民流离失所，云南回族遭到了空前浩劫。许多回族的土地房屋被视为“逆产”，全被抄没，大都无立锥之地。一些回族子遗便纷纷逃出省外，有的还逃到傣族、彝族、白族地区定居，从而形成了今天的维回、彝回、白回；有的回族还逃到境外，其后裔至今还生活在东南亚各地。回族人民杰出的起义领袖和民族英雄杜文秀以其建立大理政权的丰功伟绩而被各族人民颂扬
在西北，回民起义首先是在陕西爆发的，而西北回民起义的爆发则揭开了西北近代史的序幕。陕西在同治起义之前是“汉七回三”，广大回族人民主要聚居在关中平原和陕北的一些肥沃之地，“回族居住较他省为多”，“人口最为稠密”，自古就有“关中八百里秦川是回回开垦出来”的说法，可见回族人民对陕西这块沃土的历史贡献。1862年，回民起义首先在渭南、大荔等地爆发，接着反清烈火迅速燃遍了八百里秦川，起义军组成了十八大营，退至董志原，并燃起了甘肃、宁夏、青海、新疆等地回民起义的浓浓烈火，回、汉、撒拉、东乡、保安、维吾尔、哈萨克等西北各民族人民纷纷投人到了这场正义的斗争中，几乎完全摧毁了清政府在西北的反动统治，使河州、肃州、金积堡、西宁成为当时回民起义的四大根据地。最后在左宗棠洋枪洋炮的剿杀和诱降下，轰轰烈烈的西北回民起义失败了。在这次起义中，陕甘回民起义从华州起义到肃州被屠历时12年，宁夏地区回民反清斗争坚持了9年，新疆回民起义也历时12年，涌现出了陕西白彦虎、孙玉宝、崔伟、甘肃马化龙、马占鳌、马桂源、马文禄、新疆妥得鳞、索焕章等 一大批可歌可泣的民族英雄和起义领袖。这次西北回民大起义，时间上虽然没 有云南长，但回族遭受的损失，人口的伤亡和财产的损失都比云南惨重得多。仅陕西而言，除了极少数逃至西安城内和秦岭深山的近千回民外，几乎所有的回 族都被屠杀或被驱赶，个别的还被迫反教，使昔日里清真寺遍布的八百里秦川竟无一清真寺幸存（除西安城内外）；陕北一些地方本是回民重要的聚居区，但经过起义之后，回族人口已荡然无存。甘肃的回民由于有马占鳖的投降，可
以说是保存回民最多的省份。而过去丝绸古道上的一片片回回村庄，经过“左屠户”的屠杀也无一幸免，其惨状由此可见一斑。在镇压回民起义中，清军巢杀之恶毒在人类史上也绝无仅有（仅陕西回族就有“十不存一”之说），改变甚至抹杀了回回民族在西北繁茂的人口分布，其倾族驱赶回族人民，专门把劫后余生之回民由原来的关中平原、银川平原等富庶之地而强制安插在甘肃平凉、静宁、会宁、定西及宁夏西海固和径原、隆德等山区贫瘠之处的安置策略，直接影响到了今天西北回族政治、经济、文化的发展，完全可以说，今天西北回族的贫困就是由于当年清政府民族压迫的安置政策造成的。由于西北绝大多数回族人民或亡或逃（有的还逃到其他省份甚至外蒙），因而清政府便不论青红皂白和是否参与了起义，统统把回族的土地、宅院、财产以“叛产”处置。昔日回回聚居之肥沃之地或日益荒凉了（如陕北南泥湾），或把外地（如山东）农民再重新迁人，分给“叛产”（如陕西三原等地至今人们的口语仍有山东味，与秦人不一样）。所以说，西北回民大起义的失败，尽管历史意义极为巨大，但回族人民付出的代价也极为惨重。其结果对回族而言是空前浩劫，一切财产被掠夺，绝大多数人口被屠杀或在迁徙中身亡。为了生存，白彦虎等人被迫把一支陕甘义军的后代带到了俄国境内，从而才有了今天独联体的10万东干族。白彦虎东干族尊为“东干民族之父”。
尽管回族在清末遭到了巨大的民族牺牲，但近现代以来回族在中国的历史上也丝毫不逊色，处处皆有自己出色的表现。在推翻满清王朝的斗争中，回族人民始终冲在反封建专制统治的最前列，以自己大无畏的牺牲精神赢得了孙中山先生的高度评价。从影响上讲，近现代史上回族军阀及其家族在政治、经济、军事等各方面在西北都占据着举足轻重的地位。从五四运动开始到中华人民共和国成立的30年间，为新中国的建立回族人民的无数英雄儿女抛头颅、洒热血，英名永载史册。尤其是在抗日战争期间，各地回族人民在中国共产党的领导下，纷纷组织起武装队伍，积极投入到打击侵略者的战争中，同时也粉碎了日本军国主义企图在西北建立回回国的阴谋，各地回族人民表现出了极大的爱国热忱，表现了回族人民自古以来的爱国主义传统。同时，回族自身的民族文化也在“五四”运动以后的30年间得到了充分的发扬和传播，回族学逐渐兴起，为以后回族在新中国的发展奠定了理论基础
