我国于2006年公布了修订后的《合伙企业法》，投资主体由原来的自然人扩大到“法人和其他组织”；组织形式除原来的普通合伙企业外，增加了有限合伙企业。与自然人、公司相比，合伙企业税收具有特殊性。随着合伙企业的迅速发展，合伙企业税收问题引起越来越多的关注。鉴于此，本文对合伙企业所得税问题归纳如下。
合伙企业纳税主体为合伙人在《合伙企业法》修订前，合伙企业的合伙人只能是自然人，因此，合伙企业的所得税只涉及个人所得税。财政部、国家税务总局《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号）明确规定，合伙企业以每一个合伙人为纳税人，合伙企业的收入作为投资者个人的生产经营所得，比照个体工商户的生产经营所得，按照5%~35%的超额累进税率缴纳个人所得税。
《合伙企业法》修订后，法人及其他组织也可以作为合伙企业的合伙人。针对《合伙企业法》的修订，财政部和国家税务总局颁发了《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号），仍然规定合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人，合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。例如，某合伙企业有3个合伙人，分别为法人企业A公司、张先生、李先生，合伙协议规定每个合伙人权益相同，2009年该合伙企业取得所得为600万元，则A公司缴纳企业所得税50万元（200*25%），张先生和王先生缴纳个人所得税69.325万元（200*35%－0.675）。
可以看出，合伙企业的税收遵循先分后税原则，将合伙企业看做税收透明体，合伙企业本身不是纳税人，税法直接将合伙企业的合伙人作为纳税义务人，根据合伙人的身份确定纳税义务。
合伙企业所得如何计算
合伙企业纳税主体明确后，其所得如何计算就显得非常重要。合伙企业的纳税人既有法人又有自然人，所得计算方式到底是按照法人所得税计算，还是按照个体工商户计算？财税〔2008〕159号文件规定，合伙企业具体应纳税所得额的计算按照财税〔2000〕91号文件及财政部、国家税务总局《关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税〔2008〕65号）的有关规定执行，即除了特殊扣除项目外，应按照个体工商户计算所得的办法。
从以上分析可以看出，合伙企业的所得统一按照类似于个体工商户所得的计算方式计算，法人合伙人和自然人合伙人按照分得的所得，分别缴纳企业所得税或个人所得税。值得注意的是，合伙企业的所得包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得，无论是否分配均计入所得纳税。
自然人合伙人就合伙企业投资取得的利息、股息、红利所得，单独按照利息、股息、红利所得应税项目计算缴纳个人所得税
我国的所得税架构中，企业所得税采取了综合税制，不区分所得项目，无论是积极所得还是消极所得，均按照统一税制纳税，而个人所得税为分类税制，共分为11类所得，分别适用不同的纳税办法。因此，法人合伙人取得的所得不区分所得类型，一律按照25%的税率纳税是明确的，那么自然人合伙人是否需要区分11类所得，分别纳税呢？
国家税务总局《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（国税函〔2001〕84号）规定，对合伙企业对外投资分回的利息、股息、红利所得，按利息、股息、红利所得应税项目计算缴纳个人所得税。因此可以得出结论，法人合伙人不区分所得类型，均按照25%的法定税率纳税，而自然人股东则区分两类所得，即利息、股息、红利所得和其余所得，分别适用20%税率或5%~35%超额累进税率纳税。
有限合伙人以及非居民如何纳税
《合伙企业法》规定，合伙企业可以设为普通合伙企业和有限合伙企业两种形式。有限合伙企业的有限合伙人以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任，在有限合伙人为自然人的情况下，究竟是按照5%~35%的税率纳税，还是比照股息红利所得按照20%的税率缴税，目前政策并未明确，各地在实践中也执行不一。
非居民在国内设立经济体，尤其是设立投资企业时，往往选择合伙企业的形式，而非居民从合伙企业取得的所得，究竟如何纳税目前也并没有完全明确，需要国家相关部门出台相关政策加以规范。
