利用经济手段对干扰生态环境的行为予以调节，在当前经济发展过程中是非常必要的。其中税收政策方面作出的有利于生态环境保护的规定，如对资源综合利用的产品、废物处理、利用清洁能源生产的无污染产品实行减征、免征、即征即退的增值税优惠政策，对资源土地保护进行课征的资源税、土地使用税、耕地占用税和土地增值税等，对合理利用资源，限制资源的滥
采滥用都起到了有效的控制，对生态环境保护和建设更发挥了积极作用。笔者认为，在生态环境补偿方面，应着重做好以下几个方面：
一、尽快完善生态系统税收制度
（一）从保护重要生态屏障、考虑减轻农牧民负担、解决生态移民生活困难、支持当地经济发展的税收角度出发，应当采取“税额减免、提高起征点”等税收手段，初步形成“生态无税区”。
（二）在现行生产型增值税政策下，对矿产资源性产品生产企业一般纳税人在计算缴纳增值税时，将开采矿山中发生的采矿权转让费、生产探矿费、资源补偿费、资源税等有偿使用矿产资源的支出和购置节能减排设备所含进项税金应列入准予抵扣的范围。
（三）资源税的征收应由从量计征改为从价计征，合理提高税率标准。即提高有色金属和其他非金属矿原矿等矿种的资源税税额幅度上限, 辅之以提高税收负担的办法，使不可再生资源的单位税额高于再生资源。
（四）应当赋予省级政府一定的资源税收管辖权，合理调整现行资源税单位税额，对金属和非金属矿产品实行定额税率与比例税率相结合的复合计税办法,即先在开采或生产环节实行定额税率从量计征，之后在销售环节根据销售价格再实行比例税率从价计征，充分发挥资源税在节约非再生资源、稀缺资源方面的调节作用。
二、扩大资源税征收范围
（一）对开采石油、天然气征收的矿区使用费应纳入资源税征收范围。
（二）煤层气也属于自然资源，应对地面抽采煤层气征收资源税。
（三）借鉴国际经验做法，对自然资源输往本地区以外时，就该资源或者矿产品的产量跨地区征税。跨区域征税的纳税人虽然是在本地区从事矿山开采的居民或企业，但其负税人实际是资源的需求者或消费者。利用这种办法可提高资源的利用率，达到保护资源，实现资源可持续利用的目的。
（四）对在境内从地下或其他水源地耗用水的单位和个人，列入水资源范围征收资源税，具体办法是：
1、根据水资源所在地海拔高度设置比例税率，地域海拔越高设置较高税率，按照使用水资源的径流量或者立方数按规定税率征税。
2、根据下游水电站的单位投资成本和用水量、水头大小确定起征点和累进税率，按发电量征收，规定每千瓦时定额税率。
3、按照税收征管属地原则，由当地税务机关根据河流管辖区域收取，确定水资源源头地和水资源利用地分享比例，对征收的水资源税纳入财政预算专款专用，用于生态移民生活困难补偿、基础设施建设维护、水资源生态保护。
4、以城市用水销售量、工业用水自用量为依据征收水资源税。
三、开征环境保护税
（一）将资源开发及循环产业现行排污收费制度进行税（费）改并，提升其立法层次，将排污收费改为征收环境保护税。
（二）对在采挖各种中药材缴纳的“草皮承包费”纳入税收征纳范围征收环境保护税，其税收收入作为专用基金,用于生态环境保护支出。
四、扩大消费税征收范围
将地区采挖取得的中藏药材植物初级产品应列入消费税征税范围，对采挖人数进行规模控制，并进行采挖技术培训，提高保护草场意识，减少并淡化药材保健作用的宣染，从源头上杜绝无序疯狂采挖，保护草原原始生态。
五、完善税收优惠政策
继续落实西部大开发税收优惠政策，除继续保留原有的减税免税和零税率等税收优惠形式外,还应针对不同优惠对象的具体情况,采取多种税收优惠形式：
（一）根据民族区域自治法原则性规定，赋予民族区域自治地方适当灵活的税权。如由现行增值税先征后返政策改为全额恢复征收增值税，所征税款全部用于生态资源开发补偿，开挖回填、草原灭鼠等，让农牧民切实得到实惠，使生态环境恢复得到落实。
（二）为扶持资源循环经济，在还没有实行消费型增值税以前，对资源开发利用产业相对集中的地区，在资源消耗低、科技含量高、环境污染、废旧资源再生循环利用好的产业政策中增加循环经济在资源保护、节能减排方面购置用于消烟、除尘、污水处理等方面的环境保护设备允许抵扣增值税进项税额的规定。
（三）在企业所得税和个人所得税制度中增加对企业和个体经营者为治理污染而调整产品结构、改革工艺、改进生产设备发生的投资支出给予税收减免的规定。
（四）在企业所得税制度中增加对实行企业化管理
