机构设置：北京市国家税务局第三直属税务分局设13个内设机构（正科级）：
（一）办公室
拟订本单位年度工作计划、有关工作制度；起草和审核重要文稿；负责本单位文电、机要、会务、档案、督办、信访、保密、密码等工作；承担面向社会的税收宣传、新闻发布及本单位政务公开、政府信息公开工作；承办网站运行和维护工作；组织税收科研、学术交流工作；组织办理人大代表建议和政协委员提案的有关事项。
组织落实综合性税收政策和政策执行情况反馈、调研；承办机关外综合性税收政策文件会办工作；承办重大税收执法事项集体审理和税务行政处罚工作；承办税务行政复议、行政应讼的组织协调工作；组织实施税收法律法规、部门规章及规范性文件执行情况的监督检查；组织落实税收执法责任制制度、税收执法过错责任追究制度，承担税收执法质量考核工作；配合财政、审计等部门对税务部门的监督与审计工作。制定有关财务管理的具体办法；编制年度部门预算，对预算执行情况进行分析；组织实施会计核算、分析税收成本，编制年终财务决算报表；负责国库集中支付管理工作，编制用款计划，办理支付事项；承担本单位基本建设、资产管理、政府采购、着装管理工作；建立与落实内部控制制度，承担本单位财务内部审计工作。
承担本单位后勤事务的管理、保障和服务工作，拟订本单位事务具体工作制度并组织实施；承担本单位固定资产、办公用品的采购、保管、分配、维修；参与本单位后勤体制改革工作。
（二）税政科
组织实施出口退税管理工作，拟订具体实施办法；组织实施出口退税的政策调研、政策效应分析，制定出口退税的纳税评估办法等；贯彻、
落实、研究出口退免税政策，指导全市出口退税的日常管理、日常检查；参与出口退税纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。
（三）收入核算科
承担全市出口退（免）税计划管理和我局审批的出口企业的退库工作。
负责编制全市的出口退免税计划，向总局申请退免税指标；负责对退税计划进度执行情况的跟踪、调整；负责与金库的对帐和联系；负责各种统计、分析、报表工作。
（四）纳税服务科
贯彻落实上级部门下达的纳税服务工作要求和办税服务厅管理工作，统筹规划、组织协调和考评监督本单位各部门、各环节的纳税服务工作，组织实施纳税服务工作规范和操作流程；组织实施税收数据管理和应用办法，组织协调、实施面向纳税人的出口退税政策的宣传与辅导，落实纳税人权益保护规章制度及规范性文件；受理纳税服务的投诉和举报，指导税收争议的调解等税收法律救济工作；承担12366纳税服务热线远程坐席、网站纳税服务栏目、短信系统的内容维护及运行管理工作，负责出口业务信息提醒，对本单位所辖企业提出问题进行征集和反馈。落实税收管理信息化建设规划和实施方案，执行信息系统管理制度和技术标准，承担本单位信息化建设的技术支持、保障工作，组织本单位信息安全管理与实施，组织本单位信息化专业知识技术培训。
（五）征收管理科
组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，拟定具体操作办法；对本市出口退免税管理制度的制定、修改及对各区县（地
区）局执行情况的指导和检查；负责出口退免税企业的认定、变更、注销的管理；负责出口退免税管理质量的考核、风险管理及出口企业申报管理方向工作；负责三大系统整合、征退税衔接相关工作。
（六）人事教育科
组织落实干部人事管理制度；承担机构编制、干部任免、人员调配、劳动工资、人事档案、公务员管理、专业技术职务管理等人事工作；负责本单位安全保卫工作。
制定教育培训工作规划、学历教育工作规划、年度计划；组织实施本单位干部的全员教育培训工作,开展培训质量的考核与评估。
负责本单位的党群工作；承担本单位思想政治工作和精神文明建设；承担入党积极分子的教育培训考察工作及发展党员工作；负责本单位的工会、共青团等群众组织工作。
承担本单位离退休干部的服务和管理工作。
（七）监察室
组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法；监督检查本单位科级领导干部贯彻民主集中制、党风廉政责任制和廉政勤政的情况及选拔任用干部情况；组织协调本单位的党风廉政建设和反腐败工作；受理对本单位工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉；查处本单位工作人员违法违纪案件及其他重要案件；开展执法监察和纠风工作。
（八）办税服务厅
负责所辖外贸出口企业的认定管理工作；负责所辖外贸出口企业的出口退免税申报受理、预审工作；负责各类涉税证明开具的受理工作。
（九）进出口税收管理一科
负责所辖外贸企业出口退税的审核、审批、管理工作。负责特殊政策退税的审核、审批、管理工作。承担驻华使（领）馆及国际驻华机构、军贸公司、免税行等退税的审核、审批、管理工作；负责中标证明通知书的签发。
（十）进出口税收管理二科
负责所辖外贸企业出口退税的审核、审批、管理工作。承担一般贸易、承包工程出口企业的出口退税的审核、审批、管理工作；承担中标机电产品退税的审核、审批、管理工作。
（十一）进出口税收管理三科
负责所辖外贸企业出口退税的审核、审批、管理工作。承担一般贸易、承包工程出口企业的出口退免税的审核、审批、管理工作；承担研发机构采购设备退免税的审核、审批、管理工作。
（十二）进出口税收管理四科
承担本市及本单位的出口退（免）税检查、打击出口骗税工作。研究制定本市及本单位出口退免税专项检查工作计划，并组织实施；组织实施上级布置的专项检查和重点检查。
（十三）进出口税收管理五科
承担本市及本单位出口退税工作的函调和监控评估工作；负责本市及本单位监控预警工作；指导本单位及各区县（地区）局进出口退税部门开展出口退免税的分析、评估工作。
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