近几年来，农村信用社改革试点工作取得了明显的成效：管理体制初步建立、产权制度改革取得阶段性成果、服务“三农”方向进一步明确、资产质量和经营状况得到好转。但是，我们必须清醒地看到：农村信用社在产权关系、法人治理、经营机制、管理体制等方面仍然存在着一些问题，这些问题严重制约着农村信用社改革发展。因此，正视这些问题，认真分析成因，
制定切实可行的对策措施，在当前显得尤为重要。
一、农村信用社改革发展中存在的问题
（一）产权关系仍需进一步明晰
多年以来，农村信用社产权不明晰，法人治理结构不完善，管理责任不落实，成为制约农村信用社发展的一个核心问题。以法人为单位改革农村信用社产权制度，关键就是要农村信用社作为一个市场主体，实现“谁出资、谁管理、出了问题谁负责”这一目标。这就要求股东在依照法律规定的范围内以自己的出资额来清偿债务，股东享有所出资产的收益权，企业由出资人或其雇用的经理人员来经营。按照市场经济理论，产生这种效应的前提是生产要素的市场化流动、组合，而非政府行政主导。农村信用社由于历史原因，使其自建社以来的所有改革均是政府行政主导的结果，社员投入资本的增多并不意味真正获得更多的表决权和管理权，使社员没有增加股本金份额的动力。目前，股本金补充仍处于被动引导而非主动增资的局面，导致农村信用社股本金经过多次的清产核资和改革规范都难以达到真正意义上的股权意义，这种非真正意义上的“股权”成为制约农村信用社改革发展的关键问题。
（二）法人治理结构不完善
农村信用社在由合作社转向现代金融企业制度过程中，现有的法人治理结构不符合或不完全符合现代企业制度的要求，还没有建立起决策、执行、监督之间的相互制衡机制，激励和约束也没有得到很好的匹配。具体表现为：决策机构、执行机构、监督机构各自的职责分工尚未明确，现有的许多规定在实际操作中难以执行，决策权、执行权、监督权在实际工作中没有得到有效分离，股东会和理事会很难对信用社法人代表实施有效的监督和制约，“一长独大”的现象仍然严重。
（三）经营机制僵化和内控乏力
由于长期受“官办”思想和国有商业银行管理模式的影响，农村信用社在管理上形成了“铁工资”、“铁饭碗”、“铁交椅”的痼疾，难以实行有效的正向激励制度，相当一部分农村信用社处于粗放经营状态，员工素质普遍偏低，与其他银行业金融机构相比存在着较大的差距，在同业竞争中处于劣势。在内控管理上存在着制度不健全、制度执行力差、风险控制力弱等问题。
（四）历史包袱沉重，资产质量差，经营困难，潜在金融风险仍然很大
为了明晰产权关系，真正转换农村信用社的经营机制，国家对试点地区的农村信用社不仅发行了专项央行票据，置换了部分不良资产，弥补或部分弥补了历年亏损挂账，减免了税收，希望达到“花钱买机制”的目的。应该说，这些扶持政策的贯彻落实，对于化解农村信用社的历史包袱，改善资产质量，提高盈利能力发挥了巨大的促进作用。但是，我们必须清醒地认识到，农村信用社一些深层次矛盾和问题并未得到根本解决，风险状况也没有得到根本改善，今后改革发展的问题仍然不少。这主要表现在：农村信用社票据兑付条件“门槛”较高，“出门”困难，即使票据兑付后历史包袱仍然较重，不良贷款总量仍然很大，而且还有许多潜在不良资产没有反映出来；人均利润、资产利润率等指标较小而亏损面、亏损额仍然较大；拨备严重不足，抗风险能力尚未得到明显增强；农村信用社股金虽然增加很多，但是不少股金在本质上仍然是存款化股金，基础很不稳固；农村信用社在提足各项风险拨备后实际资本充足率仍然很低；内控制度很不健全，案件时常发生，潜在风险不容乐观。
（五）管理体制不顺，管理职权和责任需要进一步明确
经过改革，农村信用社管理体制发生了重大变化。按照国务院关于“农村信用社的管理交由地方政府负责”的要求，由省级人民政府全面承担对辖内农村信用社的管理和风险处置责任，形成了“国家宏观调控、加强监管，省级政府依法管理、落实责任，信用社自我约束、自担风险”的农村信用社监督管理体制。但是这一新的监督管理框架在实际操作中还存在着一些问题，主要表现在：省级政府依法管理的职责范围没有具体划分，造成职责定位模糊、职责边界不清，政企难以分开；省级联社受省级人民政府和基层联社双重授权管理（即省级政府授权省级联社对农村信用社进行行业管理，社员单位授权省级联社对农村信用社进行自律管理）缺乏法律依据，且多重授权管理对基层联社违规违制行为缺乏约束力，多级法人体制在一定程度上造成分散决策、低层次决策。同时，金融监管与行业管理、行业管理与自主经营、依法管理与自律管理等方面的具体内涵还不清晰，各自的职权和责任还有待明确，职能交叉、责任不清的现象还在一定范围内
